合同会社設立後の手続き・やることリスト｜必要書類と提出先を解説

合同会社を設立するには、定款作成や登記申請といった手続きが必要ですが、登記が完了しても準備は終わりではありません。事業を円滑に開始するためには、設立後の手続きを適切に進めることが重要です。この記事では、合同会社設立後に行うべき手続きを、提出先ごとに分かりやすく整理します。スムーズに事業をスタートさせるための参考にしてください。

合同会社設立後の手続きは？

合同会社の設立後には、事業を開始するまでにいくつかの手順を踏む必要があります。手続きは提出先ごとに分類でき、主に以下の4つに分けられます。

上記は一般的な設立の場合であり、規模や雇用状況によって必要書類は増減します。これらを事前に把握しておくことで、設立後に慌てずスムーズに事業を進められるでしょう。

【税務署】で行う税金に関する届出

合同会社を設立したら、まず本店所在地を管轄する税務署へ税務関連の届出を行います。提出期限が定められている書類も多いため、早めに準備することが重要です。

届出は、税務署窓口へ直接持参や郵送、e-Tax（電子申請）による提出が可能です。スムーズに事業を始められるよう、必要書類を確認し、計画的に準備を進めましょう。

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法人設立届出書の提出

会社を設立したことを税務署に正式に通知するための書類です。設立日から2ヵ月以内に、本店所在地を管轄する税務署へ提出する必要があります。

提出の際には、以下の書類が求められます。

• 定款の写し
• 設立時貸借対照表
• 出資者全員を記載した社員名簿

届出を怠ると、青色申告の承認を受けられない可能性があります。節税上の重要な手続きとなるため、期限内に確実に対応しましょう。

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給与支払事務所等の開設届出書

役員報酬や従業員への給与を支払い、所得税の源泉徴収を行う場合には、給与支払事務所等の開設届出書を提出します。給与支払いを開始した日から1ヵ月以内が提出期限となるため、支払いスケジュールと合わせた早めの対応が必要です。

この届出を行うと、会社は源泉徴収義務者として給与から所得税を天引きし、国に納付することとなります。司法書士に合同会社の設立手続きを依頼した場合でも、税務署関連の届出は別途、会社が行う必要があるケースが多いので注意しましょう。

なお、従業員を雇用しない場合でも、役員報酬を支払う場合は提出が義務付けられています。

青色申告承認申請書

青色申告承認申請書を提出すると、法人税の申告において、以下のような優遇措置を受けられます。

• 欠損金の繰越控除：赤字を最大10年間繰り越し、翌年以降の黒字と相殺できる
• 少額減価償却資産の特例：30万円未満の減価償却資産を一括で経費計上できる

提出期限は、設立の日以後3ヵ月を経過した日と、最初の事業年度の終了日のうち、いずれか早い日の前日までです。

期限を過ぎるとその事業年度は青色申告の適用が受けられません。法人設立届出書と同時に提出するのが安心かつ一般的です。

源泉所得税の納期の特例に関する申請書

源泉所得税は、原則として給与などを支払った月の翌月10日までに毎月納付する必要があります。しかし「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」を提出することで、納付を年2回（7月と1月）にまとめて行うことが可能です。

この特例を受けられるのは、給与の支給人員が常時10人未満の事業者に限られます。毎月の納付手続きが不要になるため、経理担当者の負担を大幅に軽減できるのがメリットです。

申請書に不備がなければ、提出した月の翌月に支払う給与分から特例が適用されます。適用を希望する場合は、適用を受けたい月の前月末までに所轄の税務署へ提出しましょう。

適格請求書発行事業者（インボイス）の登録申請

登録を行うと発行する請求書がインボイスとして認められ、取引先は仕入税額控除を受けられるようになります。申請は、納税地を所轄する税務署長に対して行います。

なお、登録は任意です。取引先からインボイスの発行を求められる場合や今後の事業方針等を踏まえて検討しましょう。

提出方法は、窓口持参・郵送・e-Taxのいずれも可能ですが、e-Taxを利用すると登録番号の通知を早く受け取れる傾向があります。事業開始時からインボイスを発行したい場合は、会社設立後速やかに申請手続きを進めるのがおすすめです。

【都道府県税事務所・市町村役場】で行う地方税の届出

会社設立後は、法人住民税や法人事業税などの地方税に関する届出も必要です。事業所の所在地である都道府県および市町村に対して、法人を設立したことを申告します。ここでは、手続きについて詳しく説明します。

法人設立・設置届出書

都道府県税事務所と市町村役場それぞれに提出が必要です。提出期限は自治体によって異なり、例えば東京都では設立から15日以内、大阪府では2ヵ月以内など、地域ごとに規定があるため注意してください。

提出時には、以下の添付書類が求められます。

• 定款の写し
• 登記事項証明書

届出書の様式は各自治体のホームページからダウンロードできますが、自治体によりフォーマットが異なるため、提出先ごとに準備します。

なお、この届出は税務署へ提出する「法人設立届出書」とは別の手続きであるため、提出漏れがないように気をつけましょう。

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【年金事務所】で行う社会保険の加入手続き

合同会社を設立すると、健康保険や厚生年金保険といった社会保険への加入が法律で義務付けられます。手続きは、本店所在地を管轄する年金事務所（または事務センター）で行います。ここでは、主な提出書類について解説します。

健康保険・厚生年金保険 新規適用届

会社を社会保険に加入させるための届出です。提出期限は、法人を設立してから5日以内と非常に短いため、登記完了後すぐに対応しましょう。

添付書類は以下の通りです。

• 登記事項証明書（原本）
• 法人番号指定通知書（コピー）
• 事業所の所在地が登記上の所在地と異なる場合は、賃貸借契約書などの写し

この手続きが受理されて初めて、役員や従業員個人の保険加入手続きへ進めます。

被保険者資格取得届

役員や従業員など個人を社会保険の被保険者として登録するための届出です。役員報酬を受け取る場合は、社長一人でも提出が必要です。

提出期限は、役員就任・従業員雇用などの加入の事実が発生した日から5日以内で、一般的には新規適用届と同時に提出します。届出が受理されると、健康保険被保険者証（保険証）が会社宛に送付されます。

基礎年金番号やマイナンバーなどの個人情報が必要になるため、あらかじめ本人確認書類を準備しておくとスムーズです。

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健康保険被扶養者（異動）届

被保険者に扶養する家族がいる場合に提出します。この届出の提出により、配偶者や子などの家族も健康保険の給付を受けられるようになります。提出は、被保険者資格取得届と同時に行うのが一般的で、期限も同じく5日以内です。

なお、扶養に入るためには年間収入130万円未満などの条件を満たす必要があります。続柄確認書類や収入証明書の添付を求められる場合もあるため、事前に確認しておきましょう。

【労働基準監督署】で行う労働保険の手続き（従業員雇用時）

従業員（パート・アルバイトを含む）を一人でも雇用した場合、労災保険・雇用保険の労働保険への加入手続きが必要です。ここでは、労働基準監督署で行う労災保険関連の手続き内容と提出期限、必要書類について解説します。

労働保険の保険関係成立届

従業員を雇用した際に、労働保険の適用事業所として登録するための届出です。提出先は、会社の所在地を管轄する労働基準監督署で、雇用日の翌日から起算して10日以内に提出する必要があります。

以下の書類を添付しましょう。

• 登記事項証明書の写し
• 事業所の実態がわかる書類（賃貸借契約書の写しなど）

手続き完了後に労働保険番号が発行され、この番号は概算保険料申告や雇用保険の申請時に必要になります。

労働保険の概算保険料申告

その年度に支払う予定の賃金総額を基に、概算の労働保険料を計算・申告・納付するための書類です。通常は、保険関係成立届と同時に労働基準監督署へ提出します。提出期限は、保険関係が成立した日から50日以内です。

申告後に発行される納付書を使い、金融機関などで保険料を納付します。

就業規則の届出

常時10人以上の従業員（パート・アルバイトを含む）を雇用している事業所では、就業規則を作成して所轄の労働基準監督署へ届け出る義務があります。就業規則には、労働時間・賃金・退職に関する事項など、法廷で定められた必須項目（絶対的必要記載事項）を盛り込まなければなりません。

届出の際には、就業規則に加え、従業員代表の「意見書」の添付が必要です。従業員10人未満の事業所では届出義務はありませんが、労働条件を明文化することでトラブル防止につながるため、任意での作成が推奨されます。

【ハローワーク】で行う雇用保険の手続き

労働基準監督署での労災保険に関する手続きが完了した後は、ハローワークで雇用保険の加入手続きを行います。雇用保険は、労働者が失業した場合や育児・介護で休業した際に、生活の安定を支援する制度です。従業員を雇用する事業主には加入義務があり、労災保険の手続き完了が前提となります。

雇用保険の適用事業所設置届

会社を雇用保険の適用事業所として登録するための届出です。提出先は会社所在地を管轄するハローワークで、提出期限は最初の従業員を雇用した日の翌日から起算して10日以内です。

添付書類として、以下が必要です。

• 労働基準監督署で受け取った「労働保険関係成立届」の事業主控えの写し
• 法人の登記事項証明書
• 従業員の労働者名簿や雇用契約書の写し

労働保険番号がないと手続きができないため、労働基準監督署での手続きを終えてから行うようにしましょう。

雇用保険の被保険者資格取得届

雇用保険の対象となる従業員一人ひとりを被保険者として登録するための届出です。提出期限は、従業員を雇用した日（資格取得日）が属する月の翌月10日までです。

原則として、以下の条件を二つとも満たす従業員が対象となります。

• 週の所定労働時間が20時間以上
• 31日以上の雇用見込みがある

適用事業所設置届と同時に提出するのが一般的です。手続きが完了後、ハローワークから「雇用保険被保険者証」と「資格取得等確認通知書」が交付されます。被保険者証は従業員本人に渡し、通知書は会社で保管します。

まとめ

合同会社設立後は税務署や都道府県税事務所、年金事務所、労働基準監督署、ハローワークなどで手続きが必要です。各手続きには提出期限があり、特に社会保険関連は設立後5日以内と早い対応が求められます。

届出を怠ると、税制上の不利益や法的リスクにつながるため、スケジュールを管理し、計画的に進めることが大切です。自身での対応に不安がある場合は、税理士や社会保険労務士といった専門家からサポートを受けると安心です。

合同会社設立についてのお困りごとやご相談は、ぜひ「小谷野税理士法人」までお気軽にお問い合わせください。