税務署から税務調査の連絡を受けると、経営者は不安を感じて焦って対応してしまいがちです。申告内容に誤りを見つけた場合、実地調査が始まる前に急いで修正申告を提出すべきか判断に迷います。実地調査前の修正申告はペナルティや納税負担を減らせる可能性もありますが、注意しなくてはならない点もあります。本記事では、税務調査の連絡後に修正申告を行うメリット・デメリットや、修正申告の提出時に失敗しないための注意点などを解説しますので、確認していきましょう。
目次
そもそも修正申告とは？確定申告の内容を訂正する手続き
修正申告とは、確定申告の期限が過ぎた後に、本来納めるべき税額が少ない、または還付された税額が多すぎた際に、修正した確定申告を再度提出するための手続きです。納税者自らが誤りに気づいて税務署に自己申告をするケースと、税務署から申告内容について誤りを指摘されて修正申告を行うケースがあります。
確定申告は一度提出した後でも修正できます。例年、確定申告期間は2月16日から3月15日（土日祝の場合は翌平日）です。この期間中であれば、「訂正申告」として申告書などを再提出すれば、確定申告のみで完結します。
ただし、確定申告の期限が過ぎた場合は、訂正申告ができません。また、「修正申告」に該当するかは訂正するタイミングと申告の修正内容によって異なるため、以下で確認しておきましょう。
| 手続き | どんなときか | 申告時期 |
|---|---|---|
| 訂正申告 | 確定申告に誤りがあったことに気づいた場合 | 確定申告の期限日前 |
| 更正の請求 | 本来の申告すべき税金より多く申告していた場合 | 確定申告の期限が過ぎた後 ※税務署からの事前通知の前後どちらでも可能 |
| 修正申告 | 本来納めるべき税額が少なかった場合 還付される税額が多すぎた場合 |
修正申告を行うタイミングは、確定申告の期限が過ぎた後です。修正申告の提出は税務署からの税務調査に先立った事前通知が届いた後でも、税務署に提出できます。ただし、修正申告に対するペナルティについては、提出のタイミングや自主的な申告を行うかどうかなどによっても取り扱いが変わる点に注意しましょう。
申告を誤った場合のペナルティ
確定申告を誤った内容で提出した場合には、ペナルティが発生する可能性があります。確定申告中に誤りに気づき、訂正申告の手続きを行った場合や、申告した税金が多かった更正の請求の場合も、ペナルティはありません。どのような場合にペナルティが与えられるのか、確認しておきましょう。
申告した金額が少なかった場合は「過少申告加算税」
過少申告加算税とは、確定申告にて申告した税金が本来支払うべき税金よりも少なかった場合に、追加で徴収される加算税です。本来支払うはずの税額と過少申告した税額の差である増差税額に対して原則10%、さらに新たに納める税金が50万円を超える部分の税率については15%が乗じられます。
利息にあたる「延滞税」
延滞税は、本来の納税期限（法定納期限）までに税金が納付されなかった場合に課されるペナルティです。いわゆる利息の部分であり、遅延した日数に応じて課され、税率は年によって変動します。修正申告で追加の税額が発生した場合は、税額に対して法定納期限の翌日から実際に納付される日までの期間分の延滞税がかかります。納付期限から2ヶ月を経過すると税率が上がるので注意しましょう。
意図的な所得隠しには最も重い「重加算税」が課される
誤った申告の内容が、売上の意図的な除外などといった「仮装・隠蔽行為を伴う意図的なもの」と判断された場合には、重加算税が課されます。重加算税は、税務調査で悪質な不正が発覚した際に過少申告加算税に代えて適用されるペナルティです。過去5年以内に無申告加算税または重加算税を課されたことがある場合の税率は以下の通りです。
重加算税（過少申告加算税、不納付加算税の代わりになる場合）：45%
重加算税（無申告加算税の代わりになる場合）：50%
そして、重加算税の対象となった場合は、税務署が調査できる期間も通常の3年や5年から7年へと延長されます。追徴税額が増加するだけでなく、その後の税務調査も厳しくなるので、ご注意ください。
参考：法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）｜国税庁HP
修正申告のタイミングで変わる加算税の扱い
申告内容の誤りを訂正する修正申告は、提出するタイミングによってペナルティである加算税の課され方が変わります。申告のタイミングとしては、税務調査の事前通知をもらう前、事前通知の後から実地調査開始前まで、実地調査後の3段階に分かれています。それぞれの段階ではどのようにペナルティを課されるのか確認していきましょう。
税務調査の事前通知前：自主的に申告すれば過少申告加算税は課されない
ペナルティが軽くなるのは、税務署から税務調査を行う旨の連絡である事前通知を受ける前に、納税者自らが申告内容の誤りを修正申告するケースです。事前通知前に自主的な修正申告をした場合は、ペナルティの過少申告加算税は課されず、延滞税のみが課されます。自主申告による税率の軽減は『納税者の自発的な是正を促すための措置』として設けられています。
事前通知の後から実地調査開始前までに申告：加算税が減額される
税務署から実地調査を行う旨の事前通知を受けた後であっても、税務調査官による実地調査の開始前に修正申告を提出した場合は「自発的な是正による自主申告」とみなされます。実地調査開始前までに修正申告の対応をした場合の過少申告加算税の税率は、以下の通りに減額されます。
- 通常の過少申告加算税に該当する部分：10%→5%に減額
- 新たに納める税金が50万円を超える部分：15%→10%に減額
事前通知があった後でも、自主的に修正申告をすると税負担が下がります。そのため、修正申告を出せる場合は、早めに修正申告の対応をするのがおすすめです。
実地調査後の指摘による申告：ペナルティの減額はない
実地調査が実施され、税務調査官から申告漏れなどの具体的な非違事項を指摘された後に修正申告を行う場合は、残念ながらペナルティの軽減措置は適用されません。誤りや不正による是正すべき項目である非違事項が実地調査で発覚した後に修正申告を行ったとしても、「自発的な是正」とはみなされません。そのため、本来課されるべきペナルティが全額負担となり、軽減措置はありません。
そのため、実地調査後は過少申告加算税もしくは重加算税、そして延滞税を納めます。修正申告対応のタイミングが遅れるほど金銭的な負担が増えるため、できるだけ早めに修正申告を行いましょう。
税務調査の連絡後に修正申告をするメリット
先ほどお伝えした通り、税務調査の事前通知の連絡を受けた後であっても、税務調査官が実地調査を開始する前に、税務署にて自主的な修正申告の提出も可能です。事前通知後の自主的な修正申告には、2つのメリットがあります。
自主的な申告で過少申告加算税が軽減される
税務調査の事前通知がなされた後、実地調査が行われる前に自主的に修正申告を提出した場合、申告漏れに対するペナルティである過少申告加算税の税率が下がります。自主申告による過少申告加算税の税率の軽減は、以下の表の通りです。
| 区分 | 税務調査後に申告漏れを指摘された場合（通常） | 税務調査の事前通知から実地調査開始までの間に修正申告をした場合 |
|---|---|---|
| 過少申告加算税の税率 | 10% | 5% |
| 新たに納める税金が50万円を超える部分の税率 | 15% | 10% |
上記の通り、実地調査までに自主的に修正申告を行うと、ペナルティで支払う税金が少ないため、過少申告に気づいた段階で早めに修正申告するのがおすすめです。ただし、法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じた延滞税については課されますので、注意しましょう。
悪質な隠蔽と見なされる重加算税を避けられる可能性がある
税務調査の結果から「事実を仮装・隠蔽した」と判断された場合、過少申告加算税よりも重いペナルティである重加算税が課されます。重加算税は過少申告加算税に代わり、45%といった高い税率で計算されます。重加算税に該当するのは、意図的な売上の除外や架空経費の計上などの悪質性が疑われ、「事実を仮装・隠蔽した」と判断された場合です。
ところが、税務調査の連絡があった後に自主的に修正申告を行うことで、「悪質な隠蔽の意図はなかった」と判断され、重加算税の適用を回避できる可能性があります。税務調査後に指摘を受けて修正申告を行う場合に比べて、納税者の誠実な対応を示すことに繋がるためです。結果として、重いペナルティである重加算税を避けられるケースもあるため、自主申告には納税者の信用度を上げられるメリットはあります。
税務調査の連絡後に修正申告をするデメリット
税務調査の連絡があった後の修正申告は、ペナルティ軽減のメリットがある一方で、デメリットもあります。修正申告のデメリットについても、確認しておきましょう。
税務調査がより慎重かつ厳格に進められる場合がある
税務調査の事前通知が届いた後に修正申告書を提出すると、税務調査官は申告書の内容を綿密に確認・検討した上で調査に臨みます。そのため、修正申告の内容に対しても、申告漏れの傾向や会計処理の甘い部分を把握しているため、税務調査官は通常以上に厳しくチェックします。
特定の勘定科目を修正した場合、同じ科目の他の取引にも誤りがないかなど、より深く掘り下げられるでしょう。万が一、修正内容にミスがあった場合は税務調査官からの信用を落としかねません。修正内容が不十分であると、結果として税務調査官に新たな疑念を抱かせてしまうケースや、税務調査の厳格化に繋がるリスクがある点に留意しましょう。
税務調査の対象が広がる場合がある
税務調査の対象となる事業年度は、通常は直近3年分が一般的です。しかし、修正申告によって「毎年のように発生する恒常的な誤りである」と判断された場合、調査対象が5年以上に広がるケースもあります。さらに、特定の取引に関する誤りの修正がきっかけで過去の申告内容にまで遡るなど、税務調査の対象が広がるリスクもあります。
修正申告を出す際は、税務署からの信用を取り戻すために、恒常的な会計処理のミスや記入漏れを確実になくした申告書を提出しましょう。「税務署から事前通知が来たから」と、急いで修正申告を提出するのではなく、顧問税理士に相談し、正確でミスのない申告書を作成してもらいましょう。税理士に修正申告の相談をされたい方はこちらからご相談ください。
税務調査の連絡から調査開始までの基本的なフロー
税務署から実地調査が行われる旨の連絡があったからと言って、すぐに実地調査が始まるわけではありません。通常は税務署からの事前通知があり、納税者と日程などを調整した上で実地調査が行われます。そこで、調査が開始されるまでの流れを以下の3つのフローで確認しておきましょう。
税務署から電話や書面で事前通知が届く
任意調査の場合、原則として税務署の担当の税務調査官から電話にて、事前通知が行われます。事前通知では、主に以下の内容が伝えられます。
- 調査を開始する日時
- 調査場所
- 調査対象となる税目
- 対象期間
- 調査の目的
顧問税理士がいる場合は、税理士に直接連絡が入るのが一般的です。通知方法は電話が基本ですが、納税者と連絡が取れない場合などには、書面で通知されるケースもあります。まずは、調査の概要や対象を正確に把握しましょう。
税務調査官と調査日時や場所を調整する
税務署から提示された調査日時については、納税者側の都合によって変更と調整が可能です。例えば、以下のような正当な理由がある場合は日程を変更できます。
- 事業の繁忙期と重なる場合
- 顧問税理士のスケジュールが合わない場合
調査場所についても、通常は事業所で行われますが、事業所のスペースが狭いといった事情があれば、税理士事務所などを指定できます。一方的に日程を受け入れるのではなく、落ち着いて対応できる日時を税務調査官と協議したうえで決定しましょう。
実地調査当日に向けて必要な書類を準備する
実地調査の日時が確定したら、当日に向けて必要な書類を準備しましょう。一般的に準備を求められるのは、以下の書類です。
- 会計帳簿：総勘定元帳、仕訳帳、売上帳、仕入帳、現金出納帳
- 会計の証拠となる書類：請求書、領収書、契約書、預金通帳など
上記の書類を年度ごとや取引先ごとに整理し、税務調査官からの質問にスムーズに答えられるようにしておくと安心です。事前に書類を見直す過程で、申告内容の誤りに気づく場合もあるため、修正申告の要否を判断する材料として活用されます。必要書類を集めるうえで不安がある方は、顧問税理士と話し合い、書類の不備がないか確認してもらいましょう。税理士への税務調査相談をされる方はこちらからご相談ください。
税務調査の連絡後に修正申告で失敗しないための注意点
修正申告を早めに提出することで節税できる可能性は高まりますが、修正内容の正確さで税務調査官からの信用度も変わるため、ただ提出さえすればよいわけではありません。そこで、税務調査の連絡後に修正申告を行う場合は、以下の注意点を押さえたうえで提出しましょう。
指摘された箇所以外にも誤りがないか全体を確認する
基本的には、事前通知の段階で「調査対象となる税目」について、税務調査官から案内はあります。しかし、税務調査の連絡をきっかけに申告内容を見直す際は、「調査対象となる税目」以外の箇所や、影響する箇所なども間違いがないか再度確認しておきましょう。指摘された箇所の部分的な修正のみを行って修正申告すると、後の税務調査で別の問題を指摘されるケースがあるためです。
1つの誤りが見つかった場合でも、同様の会計処理のミスが他の取引や別の事業年度でも発生している可能性があります。実地調査では過去の事例も確認されるケースもあるため、要注意です。また、ミスの箇所が別の会計処理に影響し、他の処理の金額が変化する場合は再度の修正申告が必要です。
内容によっては税務調査官からの信用を得られない恐れがあるため、見つかった誤りを修正するだけではなく、会計帳簿の全体を確認し、正確な修正申告を行いましょう。追徴税額を最小限に抑えるためにも、関連する勘定科目や過去の申告内容まで幅広く見直してから、修正申告を提出しましょう。
修正申告書の提出と納税は速やかに行う
修正申告においては、税務署に修正申告書を提出するだけでは、すべての手続きが完了したとは言えません。納税者は修正申告書の提出後、追加で納付すべき過少申告加算税または重加算税、そして延滞税を納付しなくてはなりません。そのため、修正申告を提出した後は、追加された税金分を速やかに納税しましょう。
追加分の納付を速やかに行うメリットとしては、延滞税の支払額が少ないことです。延滞税は法定納期限の翌日から納付日までの期間で計算されます。納付日が遅れるほど延滞税の額が上乗せされ続ける仕組みとなっているため、1日でも早く納税した方が納税額が安く済みます。
あらかじめ納税資金の準備も進めたうえで、修正申告書を提出するのがおすすめです。また、納税はキャッシュレス決済も行えるため、修正申告を終えた後は早めに納税対応しましょう。
参考：申告と納税｜国税庁
修正申告をすべきか迷う場合は税理士への相談が賢明
税務調査の連絡を受け、申告内容に不安があるものの、修正申告をすべきかどうかの判断に迷う方も多いです。修正申告における誤った対応は、かえって納税額を増やす可能性があります。そこで、税務調査や申告に関する不安を感じる方は、税理士を頼るのがおすすめです。
税務調査の対応を専門家に一任できる
税理士に依頼するメリットは税務調査に関する一連の対応を専門家に一任できる点です。税務署との日程調整をはじめ、調査当日の立ち会い、税務調査官からの質問への対応まで、納税者の代理人として税務関連の窓口の役割を担います。そのため、税務の専門的な知識がないまま税務調査官とやり取りするリスクを防げます。
税理士と顧問契約をすると、日頃の会計処理や税務面で指摘されがちな危険性の高い部分などにも早期に対応できるため、年末調整の段階で税務的なリスクを未然に防げるでしょう。税務調査が行われる際にも、税務調査官や税務関連の対応に費やす時間も短く済むため、あらかじめ顧問税理士に依頼しておくと安心です。顧問税理士をお探しの方はこちらからご相談ください。
納税者にとって有利な交渉やアドバイスが期待できる
税理士は税法の専門家として、豊富な知識と経験に基づいた対応を行います。税理士に依頼すると、納税者が不利にならないための専門知識を活かした具体的なアドバイスをもらえます。
- 税法の解釈が税務調査官と異なる見解の場合、納税者の立場から法的な根拠をもった主張や交渉方法で段取りを組める
- 事実認定において、事業の会計処理をもとに適切な説明を補ってくれるため、税に関する知識が増える
- 修正申告が必要な場合、内容や方法、手順や時期についても納税者にとって有利になるための的確なアドバイスをもらえる
- 税理士の指導の下で修正申告の対応ができる
税理士に税務面を一任できますが、税務上の正しい知識を用いて納税者の有利になるアドバイスをもらうことで、税に関する知識が増えます。結果として、不当に多くの税金を納める事態を避けられるでしょう。税務調査の連絡がきた後でも、どのような対応をすればよいか迷う方は、税務対応サポートをしている税理士に相談してみることをおすすめします。
まとめ
税務調査の連絡後に修正申告を行うことで、ペナルティである過少申告加算税の納税負担が減る可能性があります。また、調査が開始される前に自主申告をした場合は、過少申告加算税も課されず、延滞税の納付のみで完結します。
ただし、修正申告にミスが発覚すると、修正申告の再提出が必要となるケースもあるため、申告前に帳簿全体を丁寧に見直さなくてはなりません。場合によっては、会計や税務面の信用がなくなり、調査対象が広がってしまう可能性もあります。そのため、修正申告をすべきかどうかの判断や、税務署や税務調査官への対応に不安がある場合は、税務調査の経験が豊富な税理士に相談しましょう。
