「宗教法人は非課税」というイメージから、お寺に税務調査は関係ないと考える方も少なくありません。しかし、お寺でも収益事業を行っていれば調査対象となり、実際に申告漏れを指摘されるケースもあります。この記事では、お寺に税務調査が入る理由から、調査のポイント、事前対策までわかりやすく解説します。日頃から準備しておくことで、調査が入ったときもスムーズに対応できるでしょう。
目次
そもそもお寺(宗教法人)も税務調査の対象になるのか?

宗教法人であるお寺(寺院)は、宗教活動から生じる所得は法人税の課税対象外とされる優遇措置を受けています。しかし、すべての活動が非課税ではありません。法人である以上、税法に基づく義務を負っており、税務調査の対象から外れることはありません。
お布施や戒名料といった宗教活動による収入は非課税ですが、例えばお寺が所有する駐車場の貸付や不動産の賃貸といった活動は収益事業とみなされ、法人税が課されます。
税務調査の主な目的は、課税対象となる収益事業の有無や、所得が正しく納税されているかを確認することです。よって、宗教活動が非課税であることと、税務調査の対象になることは別の問題として理解しましょう。
税務調査で問われる「収益事業」とは?具体的な活動例

お寺の税務調査では「収益事業」に該当するかどうか判断されます。法人税法では、物品販売業や不動産貸付業など34種類の事業を収益事業と規定しており、これらを継続的に、かつ事業場を設けて行う場合は課税対象です。
お寺の活動が収益事業に該当するかどうかは、個々の実態によって判断されます。
そのため、お寺側に特別な意図がなくても、結果的に収益事業を営んでいるとみなされる可能性があります。よって、収益事業に当てはまる活動を理解しておくことは、思わぬ指摘を避けるうえでも重要です。
収益事業と判断される可能性のある活動
お寺の活動の中で収益事業と判断されるものには、さまざまな例が挙げられます。
例えば、一般の利用者に開放している月極駐車場や、コインパーキングの経営は不動産貸付業に該当します。お寺が所有する土地や建物を他者に貸し付け、賃料収入を得ている場合も同様です。
また、宗教儀式とは関係なく、一般的な土産物や書籍を継続的に販売する行為は物品販売業、有料で茶道教室や書道教室を開講する場合は技芸教授業と判断されることがあります。
霊園の永代使用料や管理料についても、内容によっては収益事業に当たると判断されるかもしれません。以上の理由により、各活動が課税対象となるか否かは事前に確認しましょう。
お布施やお守りの販売は非課税対象
一方、すべての収入が課税対象となるわけではなく、宗教活動に付随するものは原則として非課税です。
代表的なものとして、檀家や信者から受け取るお布施、寄付金、お賽銭、祈祷料、戒名料などが挙げられます。これらは対価性のある取引ではなく、宗教法人への寄付と解釈されるため、法人税の課税対象とはなりません。
また、お守りやおみくじ、絵馬、線香といった物品の頒布も宗教活動の一環とされます。一般的に、これらの頒布価格が仕入原価を大きく上回らず、実費弁償的な性格を持つ場合は物品販売業に該当しません。
なお「実費弁償的な性格」とは、かかった費用を補う程度の金額設定であり、利益を得ることを目的としていない性質を指します。ただし、この区分には明確な線引きがなく、最終的には実際の運用状況に基づいて判断されます。
お寺の税務調査はどのくらいの頻度で実施される?
お寺に対する税務調査の実施頻度は、明確な周期や基準が定められていません。一般の法人と同様、数年から十数年に一度の間隔で実施されますが、あくまで目安と言えるでしょう。
調査対象となる理由はさまざまで、収益事業を始めたのに申告していないと疑われる場合や、過去の申告内容に不自然な点が見つかった場合などがあります。お寺が所有する不動産を売却するなど、大きな金額が動いたときも税務署の関心を引くでしょう。
また、国税庁の方針として特定業種への調査が強化される場合や、第三者からの情報提供がきっかけとなるケースもあります。調査の連絡はいつ来ても不思議ではありません。日頃から経理業務の体制を整えておくことが大切です。
税務調査で特に厳しくチェックされる3つのポイント
税務調査では、調査官が特に注意して確認する項目があります。お寺の場合は、法人経費と住職個人の支出の区別が曖昧になりやすい点や、現金収入の管理方法が論点となりやすいでしょう。
給与や報酬の支払いに伴う源泉徴収の有無も重要なチェックポイントです。これらの項目は追徴課税につながりやすいため、調査官は帳簿や証拠書類を基に厳しく確認します。どのような点がチェックされるのかを事前に把握し、正しく会計処理をしましょう。
住職の個人的な支出が経費に含まれていないか
税務調査でのポイントの1つは、お寺の経費と住職や家族の個人的な支出が混ざっていないかどうかです。家族の食費や私的な旅行費用、趣味に関する支出を、法人の交際費や福利厚生費として計上している場合は経費として認められません。
また、お寺が所有している自動車を住職が私的に利用している場合は、利用割合に応じてガソリン代や維持費を家事按分し、私的利用分を経費から除外する必要があります。
こうした公私の区別を客観的に示すためには、領収書に具体的な使途を記録したり、業務日報を作成したりして、支出を証明できる資料を残しておきましょう。
お布施などの収入が正しく帳簿に記録されているか
お寺の収入はお布施や寄付金など現金で受け取るものが多く、管理が不十分だと収入の計上漏れを疑われる原因になりかねません。税務調査官は、現金出納帳や預金通帳はもちろん、宗教法人法で義務付けられている財産目録や収支計算書なども調べます。
場合によっては、過去の帳簿や檀家名簿、法要の記録と照らし合わせ、収入が少なく記録されていないか、不自然な点がないかも調べるでしょう。
よって、特定の時期の収入が極端に少ない場合や、帳簿上の現金残高と実際の残高が一致しない場合は、厳しく追及される可能性があります。そのため、日々の収入が「いつ・誰から・いくら」受け取ったのかを記録し、証拠能力のある帳簿を作成しておきましょう。
給与や報酬にかかる源泉所得税の徴収・納付は適切か
お寺が住職や寺務員に給与を支払う場合、または庭師や大工など外部の専門家に報酬を支払う場合は、所得税を源泉徴収して国に納付する義務があります。
源泉徴収が正しく行われているかどうかは、税務調査で必ず確認されます。なお、住職に支払われる給与(いわゆる「お手当」)も源泉徴収の対象となるため注意しましょう。
もし源泉徴収漏れが見つかれば、本来の税額に加えて、不納付加算税や延滞税といったペナルティが課されます。給与や報酬を支払う際には、源泉徴収の要否を判断し、必ず期限内に納付しましょう。
税務調査に備えて今からできる事前対策
税務調査は、予告なしで突然入る可能性があります。そのときに資料の不備や帳簿の欠落が見つかると、調査に支障をきたしてしまうでしょう。一方、いつ調査官が訪れても落ち着いて対応できる体制があれば、スムーズに調査が進み、不必要な指摘を避けられます。
具体的には、日々の取引を証明する書類を整理・保管すること、それに基づいて正確な会計帳簿を作成すること、さらに必要に応じて専門家に相談することです。これらの対策は税務調査への備えになるだけではなく、お寺の健全な運営を支える基盤にもなるでしょう。
収支を証明できるように領収書やレシートを整理・保管する
税務調査では、支出の根拠として領収書やレシート、請求書などの証憑書類を提示しなければなりません。これらがない場合、その支出は経費として認められない可能性があります。
そのため、受け取った書類は日付順や勘定科目別に整理し、いつでも確認できるように保管しておきましょう。
支出内容が分かりにくい場合は、但し書きを具体的に書いてもらうか、書類の余白に用途や参加者をメモしておくと、後で確認したり調査官に説明したりする際に役立ちます。
なお、法人税法では、領収書などの書類を原則7年間保存することが義務付けられています。
日頃から会計帳簿を正確に作成しておく
証拠書類に基づいて、日々の取引を漏れなく帳簿に記録することは税務調査対策の基本です。現金収入の多いお寺では、収入の計上漏れや使途不明金の発生を防ぐため、現金出納帳を記帳し、帳簿残高と実際の現金残高を照合する作業が欠かせません。
もし手書きでの記帳が負担であれば、会計ソフトを導入することで作業の効率化と正確性の向上が期待できます。
なお、収益事業を行っている場合は、非課税となる宗教活動の会計と区分して処理しましょう。区分経理が正しく行われているかどうかも、税務調査で重要なチェックポイントとなります。
不安な場合は専門家である税理士に相談する
宗教法人の会計や税務には、一般企業とは異なる観点や注意点があります。例えば、収益事業と非課税事業の区分、住職への給与の扱い、宗教活動に関わる経費の範囲などは、専門的な知識がなければ対応が難しいでしょう。
こうしたときに頼りになるのが、宗教法人の税務に詳しい税理士です。
税理士に顧問を依頼すれば、日々の記帳や決算申告のアドバイスはもちろん、税務調査の立会いも任せることができます。また、調査官にも対応してもらえるため、税務調査での精神的な負担を軽減できるでしょう。
お寺の税務調査についてよくある質問

最後にお寺の税務調査について、よくある疑問をそれぞれわかりやすく回答していきますので参考にしてください。
税務調査の事前通知はどのように行われる?
通常は調査の数週間前に税務署から電話や書面で通知が行われます。突然訪問されるケースはまれで、多くの場合は日程調整のうえで実施されます。
税務調査の期間はどれくらい?
調査の内容や規模によりますが、一般的には1日から3日程度で終わることが多いです。ただし、調査で問題が見つかった場合や、追加の確認が必要になった場合は延長されることもあります。
宗教法人に対する税務調査は一般法人より厳しいの?
基本的な調査の流れは一般法人と同じです。ただし、宗教法人は非課税部分と収益事業部分の区分が重要視されるため、区分については細かく確認される傾向があります。
税務調査を断ることは可能なの?
税務調査は法律に基づいて行われるため、正当な理由なく拒否することはできません。
まとめ
宗教法人であるお寺も、収益事業を行っている場合には税務調査の対象となります。
なお、税務調査で重点的に確認されるのは主に以下の4点です。
- 収益事業と非課税事業の区分が正しく行われているか
- 住職の個人的な支出が経費に混ざっていないか
- お布施などの収入が漏れなく計上されているか
- 給与や報酬に対する源泉徴収が適切に処理されているか
これらのポイントを日頃から意識して管理しておくことは、税務調査への備えとなります。領収書などの証拠書類を整理・保管し、正しく会計帳簿を作成しましょう。また、宗教法人特有の会計処理で判断に迷う場合は、税理士に相談することをおすすめします。
適切に会計と記録をすることで税務調査への備えになり、お寺の運営を持続的に支える土台ともなるでしょう。









