法人に税務調査が入る頻度や確率は売上や利益の変動、過去の指摘内容などによって早まることもあります。決算期の時期に調査が行われる傾向がある一方、帳簿や申告内容に不自然な点があると時期を問わず調査対象になる可能性があります。本記事では、税務調査の頻度・時期、入りやすい法人の特徴から調査が来ないための対策をまとめて解説します。しっかり対策をして税務調査を避けたい方はぜひ参考にしてください。
目次
法人に税務調査が来る頻度

税務調査は一般的に3〜10年に1回程度の頻度で行われますが、企業の状況によってはそれより早く実施される可能性があります。税務調査では過去3年分の帳簿や領収書などが確認されることが多く、一定の周期で調査が行われる傾向にあります。
その一方で、企業の財務状況や取引内容に不自然さが見られる場合には、通常の周期にとらわれず調査が行われるので要注意です。
例えば新設法人の場合は設立から3年が経過した時期に調査が入りやすい傾向があります。また売上や利益が急激に変動したり決算書に異常な数値が見られたりする企業も早いタイミングで調査が行われる可能性が高いです。さらに、消費税などで還付を受けた企業も調査対象になりやすいため注意が必要です。
つまり、税務調査は「3〜10年に1回程度」が目安ではあるものの、法人の状況次第で頻度は大きく変わります。そのため、常に適切な帳簿管理と税務対応を心がけましょう。
法人に税務調査が来る確率
国税庁の発表によれば、2021年の法人税申告件数は約307万件に対し、実際に行われた税務調査は約41,000件でした。単純計算すると、法人に税務調査が入る確率はおよそ1.3%ということになります。
ただし、税務調査は無作為に行われるわけではありません。事業規模が大きい法人や、不自然な取引や数値から「不正の可能性がある」と判断された法人を中心に実施されるのが一般的です。そのため、企業の状況によっては調査を受けやすいケースがあります。
また、調査を受けた法人や個人事業主の多くは、申告内容に誤りが見つかり、修正申告を求められることになります。統計上、その割合はおよそ8割に達するとされており、調査に入られた場合は高確率で追加対応が必要になる点も覚えておきましょう。
参考:令和3事務年度 法人税等の申告(課税)事績の概要|国税庁
法人に税務調査が来る時期

「税務調査がいつ行われるか」について明確なルールはありません。しかし一般的には法人の決算期に合わせて実施されるケースが多いと言われています。例えば決算期が2~5月の企業は7~12月、決算期が6~1月の企業は翌年1~6月に調査が入りやすい傾向があります。
特に日本では3月末決算の法人が多いため、7~12月に調査件数が集中しやすいです。なお7月から調査が増えるのは、税務署の事務年度が7月に新年度を迎えるためです。さらに、1~3月は確定申告業務で繁忙期にあたり、税務調査を実施しにくいことも背景にあります。
ただし、これらはあくまで目安にすぎず、決算書や申告内容に不自然な点がある場合は時期を問わず調査が入る可能性があります。そのため、常に適正な処理を行っておくことが大切です。
税務調査が来やすい・来にくい法人の特徴

税務調査はすべての法人に一定のリスクがありますが、企業の状況によって調査対象に選ばれやすいかどうかが変わってきます。以下に、それぞれの特徴を整理しました。
税務調査が来やすい法人 |
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税務調査が来にくい法人 |
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税務調査はすべての法人に可能性があるものの、事業規模や業種、取引の透明性などによって調査対象となるリスクは変わります。売上の変動が大きかったり過去に指摘を受けていたりすると調査が入りやすいです。
その一方で納税状況が適正で問題が見当たらない法人は調査の可能性が低い傾向にあります。自社の状況を客観的に把握し、日頃から正確な申告・記録を徹底しましょう。
税務調査の一般的な流れ
法人に税務調査が来る場合の一般的な流れを表にしてまとめました。
流れ | 内容 | ポイント |
① 事前通知 | 税務署から調査日程・対象税目・準備書類などを通知 | いきなり来ることはなく、心構えの時間がある |
② 日程調整 | 通知された日程が難しい場合、調査官と相談して変更可能 | 税理士に依頼すると調整がスムーズ |
③ 書類準備 | 帳簿・契約書・領収書など、通常は3年分、場合によっては5年分を準備 | 税理士に相談すると効率的に進められる |
④ 実地調査 | 調査官が会社を訪問し、質問や帳簿確認を実施(1〜3日程度が一般的) | 誠実に回答し、必要に応じて追加資料を提出 |
⑤ 結果通知 | 調査終了から2〜3週間後に結果が通知 | 問題なければ「申告是認」、不備があれば修正申告と追納 |
税務調査は「通知 → 日程調整 → 書類準備 → 実地調査 → 結果報告」という一連の流れに沿って進みます。事前に連絡があるため、慌てる必要はありません。
大切なのは、必要書類をきちんと揃え、事実に基づいて誠実に対応することです。税理士に相談・立ち会いを依頼すれば、調査をスムーズに進められ、万一の指摘にも冷静に対処できます。
税務調査で注目されやすいポイント
税務署は企業が陥りやすい誤りや、脱税に利用されがちな手口を熟知しています。そのため、調査への備えとしてこれから紹介する税務調査で注目されやすいポイントを押さえておきましょう。
売上除外・経費の水増し
法人税で差額が発生する大きな要因は「売上の申告漏れ」と「経費の計上ミス」です。現金売上は、意図せず計上漏れが起こりやすいため、調査官は現金管理の方法を重点的に確認します。
なお経費は収益獲得に直接関連する支出のみが認められます。過大な接待交際費や役員給与は損金算入できません。売上が急増した企業は、利益を抑えるため経費を増やしがちですが、否認されれば不要な出費に終わるため注意が必要です。
売上・仕入れの計上時期の誤り
法人税は事業年度ごとに損益を計算するため、計上時期を誤ると利益額も大きく変動します。また決算期末に仕入や経費を前倒し計上して利益を抑える行為も、誤りを指摘されれば経費が否認され、結果的に利益が増加します。
このように売上・仕入れの計上時期を誤ると利益額が変動して税務調査で指摘されやすくなるので注意しましょう。
役員との取引・関係性
役員と法人の関係は、税務調査で必ず確認されるポイントです。役員への貸付金がある場合、契約書の有無や返済状況が調べられます。
また役員報酬は一定の条件を満たさなければ損金算入が認められません。役員の実態も含めて厳しくチェックされます。特に同族会社では、実際に働いていない家族に役員報酬を支払っている場合、損金不算入とされる可能性が高いです。
税務調査が来ないようにするための対策
税務調査が来ないように、日頃から法人ができる対策をご紹介します。
帳簿管理を正確に行う
日々の収入・支出は漏れなく記録し、領収書や契約書などの証拠資料を整理しておきましょう。特に現金取引を曖昧に処理すると、「売上を除外していないか」と疑われる原因になります。帳簿と実際の取引が一致していれば、税務署からの信頼を得られ、調査対象となるリスクを抑えられます。
経費は正しく計上する
経費として計上できるのは、あくまで事業に関連する支出のみです。プライベートの食事を交際費として計上したり、家事利用分を全額経費にすることはやめましょう。経費の妥当性を示せるよう、領収書やメモを残しておきましょう。
頻繁な帳簿修正は控える
帳簿を何度も修正していると、「不正があるのでは」と疑われやすくなります。特に売上や経費の修正が多い場合はリスクが高まるため、初回から正確に記帳する習慣をつけましょう。やむを得ず修正する場合は、理由を明確に記録しておくと安心です。
税理士と定期的に相談する
申告時だけでなく、四半期ごとなど定期的に税理士と相談することが理想です。法改正や業種特有のリスクに合わせたアドバイスを受けることで、税務調査の対象になりにくくなります。税理士などの専門家と連携しておけば、いざという時でも慌てず対応できるでしょう。
まとめ
税務調査は全ての法人に可能性があり、企業の規模や業種、取引の透明性によって入りやすさが変わります。調査は事前通知から日程調整、書類準備、実地調査、結果報告という流れで進められるため、事前準備と正確な帳簿管理が欠かせません。
また、売上計上や経費処理、役員取引など、税務署が注目するポイントを把握しておくことで対応はスムーズになります。日常的に帳簿を正確に管理・計上すること、また税理士と定期的に相談することが、税務調査のリスクを下げる効果的な方法です。
小谷野税理士法人では税務調査の対応経験が豊富な税理士が複数在籍しております。はじめての税務調査で不安なことがあれば「小谷野税理士法人」までお気軽にお問い合わせください。









