申告分離課税でも確定申告が必要なケースとは？仕組みと注意点を解説

株式や不動産の売却益などに適用される「申告分離課税」は、他の所得とは分けて課税される制度です。一見すると確定申告が不要に思えますが、条件によっては申告が必要となる場合があります。判断を誤ると、本来受けられる控除や損益通算を逃し、結果的に税負担が増える可能性があるでしょう。本記事では、申告分離課税と確定申告の関係に注目し、特に確定申告が必要なケースを中心に、制度の仕組みや注意点を解説します。

申告分離課税とは？

「申告分離課税」とは、一定の所得について、他の所得と合算せずに独立した税率で課税する制度です。

主に株式の譲渡益や不動産の売却益などが対象となり、所得の金額にかかわらず一律の税率が適用されるのが特徴です。

関連記事：自社株の配当金には税金がかかる？税額の算出方法も解説

「総合課税」や「源泉分離課税」との違い

課税方式には、申告分離課税のほかにも「総合課税」と「源泉分離課税」があります。それぞれ課税方法や税率、確定申告の要否、対象となる所得が異なります。

「総合課税」は、給与や事業所得などのように他の所得と合算し、累進課税で税額が決まる方式です。申告分離課税は、対象となる所得だけを切り離して一律の税率で計算するため、高所得者にとっては有利になることがあるでしょう。

一方、「源泉分離課税」は、支払者が税金を源泉徴収することで課税が完了する仕組みで、原則として確定申告の必要がありません。

関連記事：総合課税と分離課税の違いとは？違いをわかりやすく解説

申告分離課税でも確定申告が必要なケース

申告分離課税は、条件によっては確定申告が不要な場合もありますが、すべての人に当てはまるわけではありません。

場合によっては確定申告を行わないと、損をしたり本来受けられるはずの控除を逃してしまうこともあるので、確定申告が必要となるケースを確認しておきましょう。

源泉徴収されていない所得がある場合

証券会社の特定口座には「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の2種類があります。「源泉徴収なし」の口座を利用している場合、年間の譲渡益に対して税金が自動で引かれていないため、自分で確定申告を行って納税する必要があります。

取引報告書などをもとに、正しく申告しなければなりません。

複数の証券会社に口座がある場合

証券口座を複数の金融機関に分けて持っている場合、それぞれの口座で得た譲渡損益を合算する「損益通算」を行うには、確定申告が必要です。

自動で通算されるわけではないため、自身で各口座の年間取引報告書を集めて、合計額を申告する必要があります。申告しなければ、本来相殺できた損失が無駄になる可能性があるでしょう。

関連記事：株式投資で損をしたときの節税法！確定申告での損益通算のやり方を解説

損失を繰り越したい場合

株式やFXなどで損失が出た年には、損失を翌年以降に繰り越して、将来の利益と相殺することができます。

この「繰越控除」は最大3年間認められていますが、初年度に確定申告をしておくことが絶対条件です。申告しなければ、損失は切り捨てられてしまい、節税のチャンスを逃すことになるでしょう。

税額控除や配偶者控除などを受けたい場合

配偶者控除や医療費控除、住宅ローン控除などの所得控除・税額控除を申請したい場合には、申告分離課税で得た所得がある方でも、確定申告が必要です。

ただし、申告分離課税の所得が合算され所得が増えると、配偶者控除が受けられない可能性があるため注意しましょう。

不動産売却で特例を受けたい場合

マイホームを売却して得た利益に対し、「3,000万円の特別控除」などの特例を適用するには、確定申告が必須です。

申告しなければ、特例が適用されず、多額の譲渡所得税が課される可能性があるでしょう。たとえ税金が発生しないとなる見込みでも、制度の適用には申告が必要です。

関連記事：譲渡所得がいくらから確定申告する？必要書類や書き方も解説

申告分離課税で確定申告する際の注意点5つ

申告分離課税を利用する際には、制度の特徴や制限を理解せずに申告すると、思わぬ損失や不利益を被るおそれがあるでしょう。確定申告時に特に注意すべき以下5つのポイントを解説します。

1. 損益通算の対象は限定される
2. 損失の繰越控除には継続申告が必要
3. 配当所得は課税方式の選択に注意
4. 特例や控除には条件あり
5. 住民税の課税方式に注意

損益通算の対象は限定される

申告分離課税で損益通算できるのは、申告課税方式内の所得に限られます。例えば、株式の譲渡損失は申告分離課税の配当所得と損益通算できますが、給与など総合課税の所得とは相殺できません。

制度を理解せずに申告すると、本来控除できた損失が無駄になる可能性があるので注意しましょう。

損失の繰越控除には継続申告が必要

繰越控除を受け続けるには、毎年確定申告を継続することが必要です。

株式やFXで損失が出た場合、その損失は最大3年間繰り越すことができますが、初年度だけでなく2年目以降も継続して申告しなければ繰越は無効になります。1年でも申告を忘れると控除が受けられなくなるため注意しましょう。

配当所得は課税方式の選択に注意

配当所得は課税方式の選択を誤ると、税額に大きな差が生じます。上場株式の配当金などは「総合課税」、「申告分離課税」、申告不要の3パターンから選択できますが、最も有利な方式は人によって異なります。

控除の適用有無や所得の総額によって、税負担が軽くなる選択肢が変わるため、慎重な判断を行いましょう。

特例や控除には条件あり

申告時に適用できる特例や控除には、必ず条件と提出書類があります。例えば、不動産売却時に利用できる「3,000万円特別控除」や住宅ローン控除は、対象物件や所有期間などの要件を満たさなければ使えません。

また、適用には確定申告と添付書類の提出が必要となるため、事前にしっかり準備しておきましょう。

住民税の課税方式に注意

2023年分以降は、所得税と住民税の課税方式を原則一致させる必要があります。以前は、配当所得などで「所得税は申告、住民税は申告不要」といった選択が可能でしたが、税制改正により、原則として同じ課税方式で申告しなければならなくなりました。

誤って申告方式を分けてしまうと、修正が必要になる場合があるので注意しましょう。

申告分離課税の確定申告の方法

申告分離課税の対象となる所得がある場合、確定申告の手続きや必要書類は通常とは一部異なります。申告の際に用意すべき書類や、提出方法・期限について分かりやすく説明します。

必要な書類

申告分離課税で確定申告を行う際は、以下の書類を準備しましょう。

• 確定申告書 第一表・第二表（全員必須）
• 確定申告書 第三表（分離課税用）
• 年間取引報告書（証券会社・取引所などから発行）
• 譲渡契約書や支払調書など、所得を証明する資料
• マイナンバーカードまたは本人確認書類（写し可）

これらの書類は、所得の種類や内容に応じて必要になります。特に第三表は申告分離課税専用であり、提出しなければ正しく課税処理されません。

記載ミスや添付漏れがあると、還付遅延や税務署からの照会の原因になるため、丁寧に確認しましょう。

提出方法と期限

確定申告の提出は、毎年2月16日から3月15日までの期間内に行う必要があります。

提出方法には、税務署への持参、郵送、または国税庁のe-Taxを使ったオンライン申告の3つがあります。特にe-Taxは、時間や場所に縛られずに手続きできるうえ、還付金の処理も早くなるなどのメリットがあります。

提出手段を事前に決め、余裕を持って準備するよう心掛けましょう。

関連記事：【税理士監修】確定申告のやり方ガイド！いつからいつまでの収入？郵送のケースや必要書類・マイナンバーカードについて

申告分離課税の確定申告でよくある質問

申告分離課税に関する確定申告は、制度の選択や適用条件が複雑なため、実際の手続きで迷う方も少なくありません。以下で、よく寄せられる質問をご紹介します。

確定申告しないとどうなりますか？

確定申告が必要な場合に申告を怠ると、延滞税や無申告加算税などのペナルティが課される可能性があります。

特に利益が出ているにもかかわらず申告しなかった場合には、追徴課税の対象となり、税負担が増えることがあります。納税義務を正しく認識し、該当する場合は必ず期限内に申告しましょう。

NISA口座の取引も申告が必要ですか？

NISA口座で得た利益については、非課税制度が適用されるため、確定申告は不要です。

ただし、NISA枠を超えて一般口座や特定口座で取引した分については、申告分離課税の対象となり、確定申告が必要になることがあります。どの口座で取引しているか、年末の取引報告書などで必ず確認しましょう。

専業主婦でも確定申告が必要ですか？

専業主婦や扶養内で働いている方でも、申告分離課税の対象となる所得がある場合は、内容や金額に応じて申告が必要です。

特に株式や不動産の譲渡益があるケースでは、申告しなければ税務上の不利益を受ける可能性があるでしょう。損益通算や繰越控除などの制度を利用する場合にも、確定申告は必須です。

申告分離課税の確定申告に不安がある方は専門家に相談

申告分離課税は一見シンプルに見えても、損益通算や繰越控除、税率の選択を誤ると、かえって税負担が増えるリスクがあります。特に株式や不動産、FXなど複数の投資を行っている方、収入源が多い方は、税務処理が複雑になりがちです。

そうした場合は、申告方法や制度選択に迷った段階で、早めに税理士など専門家へ相談することをおすすめします。制度を正しく理解し、最適な形で申告することで、不要な税負担や将来のトラブルを回避できるでしょう。

小谷野税理士法人は、投資収益・雑所得・不動産譲渡などに関わる分野で多数の実績があり、複雑な申告や節税対策にも柔軟に対応可能です。申告に不安がある方は、ぜひ一度、小谷野税理士法人へご相談ください。