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修正申告とは?税務調査で修正申告が発生するのはどんな時なのか詳しく解説

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修正申告とは?税務調査で修正申告が発生するのはどんな時なのか詳しく解説

日本では、納税者自身が税額を計算して申告する「申告納税制度」がとられています。そのため、ときには計算ミスや計上漏れといった申告内容の誤りが見つかることもあるでしょう。税務調査でこのような誤りが確認された場合は修正申告を勧められることになりますが、どのように対応すればいいのでしょうか。そこで、この記事では修正申告に関する基礎知識や申請までの流れ、注意点なども踏まえて詳しく解説していきます。

修正申告とは

修正申告とは、すでに行った税務申告の内容に誤りが見つかった場合に、納税者が税額の修正手続きを行うことを指します。修正申告は税務調査で指摘を受けたことによって行う場合もありますが、納税者自らが税額の誤りに気付いて行うケースもあります。

また、納税者が自主的に修正申告を行うケースでは、納税額が減額される場合や還付が発生する場合もあります。しかし、税務調査で申告内容について指摘を受けた場合には、追加で税金を納めなければならない場合がほとんどです。税務署からの指摘が妥当であり、申告内容に明らかな誤りがあったと判断される場合には、修正申告に応じるべきといえるでしょう。

ただし、税務調査の結果を受け入れて修正申告に応じる場合には注意点もあります。それは、修正申告に応じることで「不服申し立ての権利を放棄することになる」という点です。税務署からの指摘に従って修正申告を行うということは、自らの非を認めたことになります。後々、「指摘事項についてあらためて検討したが、やはり納得できない」と不服を申し立てたとしても、その主張は受け入れてもらえません。

税務調査が入ったとしても、その結果が必ずしも正しいものとは限りません。少しでも納得できない部分があれば専門家に相談し、安易に修正申告に応じることのないよう注意してください。

通常の税務調査の流れ

税務署から税務調査を行う旨の連絡が入る

通常の税務調査(任意調査)では、税務調査が実施される前に税務署から事前通知が行われます。一般的には電話で連絡が入り、調査実施日や期間、調査対象税目などについて説明を受けます。税務申告を税理士に委任していた場合には、当該税理士に連絡が入るでしょう。

ただし、税務調査の事前通知は義務ではありません。帳簿書類の改ざんなどの不正行為や適正な調査が困難と判断される場合、事前通知を行わない「無予告調査」が実施されるケースもあります。税務署職員に無予告調査を実施する理由について説明を求め、後日あらためて税務調査を依頼できる場合もあるため慌てず対応しましょう。

なお、税務調査には「受忍義務」が定められているため、原則として拒否することはできません。また、税務調査を実施する税務署職員は「質問検査権」にもとづいて調査を行い、正当な理由なく帳簿書類の提示などを拒むと罰則が適用されてしまいます。

税務署からの税務調査の事前通知目安

税務調査の事前通知が行われるタイミングに明確な決まりはありませんが、調査実施日のおよそ2~3週間前が目安といわれています。事前通知の方法は法令上の規定がなく、納税者本人や事業所、税理士あてに電話が入ります。なお、国税庁の公式サイトには「電話による事前通知が困難と認められる場合は、税務当局の判断で書面によって事前通知を行う場合もある」との記載がありますが、「納税者からの要望に応じて事前通知内容を記載した書面を交付することはない」とも記載されています。よって、特段の理由がなければ書面での通知はされないといえるでしょう。

また、税務調査が実施される時期についても特に決まりはありません。一般的に、確定申告のシーズンである1~3月は税務署が繁忙期を迎えるため、税務調査が実施される可能性は低くなります。さらに、税務署職員の人事異動が行われ、調査チームの再編成が行われる7~8月も可能性が低いといえるでしょう。一方、繁忙期や人事異動を終えた9~11月は税務調査が最も入りやすい時期といえるため注意が必要です。

なお、税務調査は2~3日程度かけて実施されます。事前通知の際に調査実施日も伝えられますが、スケジュールの都合が悪い場合は日程調整を申し出ましょう。

税務調査の当日までに準備が必要なもの

税務調査の実施日が決まったら、以下の書類などを準備しておきましょう。

  • 請求書・領収書
  • 過去7年分の帳簿書類
  • 会計ソフトのデータ
  • 預金通帳
  • 定款
  • 登記簿謄本
  • 雇用関係の書類

税務調査では一般的に過去3年分の帳簿書類について確認が行われますが、問題が見つかった場合には過去5年~7年分遡って確認される場合があります。決算書類や仕入・売上などに関する各種台帳に加え、契約書や棚卸表などの事業に関する書類はすべて提示できるよう準備しておきましょう。

また、事前通知後に行われる任意調査の場合、各種書類やデータの提示について納税者の同意を得ながら調査が進められます。強制的に書類やパソコンが押収されるようなことはないため、必要以上に恐れる必要はありません。税務署の調査官に求められた場合は資料を提示し、誠実な対応を心がけましょう。

税務調査後に修正申告が必要となった際の流れ

修正申告

税務調査が完了した後の結果には、3つのパターンがあります。ひとつが、申告内容に不備があることを税務署に指摘され、修正を勧められる「修正申告」です。修正申告は納税者の義務ではなく、税務署からの指摘に納得いかなければ応じる必要はありません。その場合は、後述する更正の請求を行うことになります。また、上述のとおり修正申告を行うと、不服申し立ての権利を放棄したとみなされます。税務調査の結果、修正申告を勧められた場合には慎重に検討することが重要です。

更生処分

税務署から申告内容について指摘を受けた場合、ほとんどのケースでは誤りを認めざるを得ない結果となります。しかし、どうしても税務調査の結果に納得できない場合もあるでしょう。そのような場合、指摘された内容について「更正処分」の請求を行うことができます。

更正処分がなされることで税額が確定し、税務署の指摘に誤りがあった場合は訂正されます。また、確定した税額に不服があれば、裁判所に対して異議申し立てをすることも可能です。更生の手続きに進む場合は税法に沿った検討が必要となるため、専門家へ相談することをおすすめします。

申告是認

税務調査の結果、申告内容について特に誤りがなかった場合は「申告是認」となります。申告是認通知書が発送され、その後に必要な手続きはありません。ただし、税務調査が実施されたうえで申告是認となるケースはごく稀です。基本的には、何かしらの指摘が入ると理解しておくほうがいいでしょう。

修正申告で課税される追徴課税の種類

過少申告加算税

過少申告加算税とは、申告した税額が実際よりも少なかった場合に課税される加算税のひとつです。申告を期限内に済ませて税金を納めたとしても、納付すべき税額が少なかった場合には過少申告加算税が課税されてしまいます。

また、過少申告加算税は申告内容にミスがあった場合に課税される税金であり、納付すべき税金を故意に偽ったり隠蔽したりした場合、さらに厳しい重加算税が課税されることになります。自主的に修正申告をすれば過少申告加算税が課されない可能性もあるため、申告内容に計算ミスがあることに気づいた場合は速やかに対応しましょう。

なお、過少申告加算税にはペナルティーといった意味合いがあるため、過少申告加算税の支払いを法人税における損金として扱うことができないことにも注意が必要です。

無申告加算税

無申告加算税とは、期限内に確定申告を行わなかった納税者に対して課される税金であり、加算税の一種です。法定期限内に税金を納付していたとしても、確定申告を行っていなければ無申告加算税が課されてしまいます。

無申告加算税が課された場合、通常の税額に加えてその15%にあたる金額を納付しなければなりません。ただし、税務調査で指摘を受ける前に自主的に申告を行った場合には、5%に軽減されます。

延滞税

延滞税とは、確定申告の期限である3月15日から、納めるべき税金の完納までにかかった日数に応じて加算される税金です。また確定申告を行っていたとしても、修正申告や更正の処分がなされ、納めるべき税額が不足していた場合には課されます。このような場合、延滞税に加えて過少申告加算税も課される場合があるため注意が必要です。

不納付加算税

不納付加算税とは、期限内に源泉所得税を納付しなかった場合に課される税金です。たとえ1日遅れただけであったとしても、期限内に納付が間に合わなかった場合には不納付加算税が課せられてしまいます。不納付加算税の税率は、自主的に納付した場合は5%、税務署からの指摘を受けて納付した場合には10%となっています。

ただし、不納付加算税の対象外となるケースもあります。

  • 納付の意思があり、法定納付期限から1か月以内に納付した場合

過去1年間で税金の滞納や税務署からの納税告知を受けていた場合、「納付の意思がある」とは認められません。

  • 不納付加算税が低額である場合
    一度に支払う不納付加算税の税額が5,000円未満である場合、課税額が切り捨てとなるため納付の必要がなくなります。
  • やむを得ない事情がある場合
    大規模な災害があった場合など、源泉所得税の納付が遅れたことに正当な理由がある場合には、不納付加算税が課されない可能性があります。しかし、単に納付が必要な事実を知らなかったという場合などは、正当な理由があるとは認められません。

重加算税

上述した4つの加算税は納税者のミスによって課せられるものでしたが、事実の仮装や隠蔽などの悪質な行為が確認された場合には重加算税が課せられてしまいます。この「事実の仮装や隠蔽」とは、意図的に在庫を少なく計上したり、架空の取引を作って計上したりするような行為を指します。このような不正行為が確認されると、ほかの加算税よりも税率が高い重加算税の対象となるため注意しましょう。

修正申告で税理士をうまく活用する方法とは

修正申告すべきかどうかの判断を行ってもらえる

税務調査の結果、税務署から修正申告を勧められたとしても申告義務はありません。修正申告に応じた場合、不服申し立ての権利が失われるため慎重に検討することが重要です。そこで、税理士にサポートを依頼することによって修正申告についてアドバイスをもらうことができます。また、修正申告に応じない場合は「更正の請求」を行うため、税法に関する専門知識が必要となります。修正申告を勧められた場合には、早めに税理士に相談することを検討してみてください。

税務調査前の準備を依頼することができる

税務調査では、事業に関するさまざまな書類を準備する必要があります。また、調査に関する多くの質問をされるため、どう対応すればいいか不安な方も多いのではないでしょうか。税理士に依頼をすれば、必要書類や当日想定される質問についてサポートを受けることができ、調査当日もフォローしてもらうことが可能です。社内に税務や会計について詳しい人間がいない場合は、税理士に対応を依頼することをおすすめします。

不合理な指摘事項があった場合に訂正を主張してもらえる

調査官によっては、税務調査で不合理な指摘を行う場合があるかもしれません。そのような場合でも、税理士が立ち会っていれば毅然とした対応をしてもらうことができます。税に関する知識がなければ、誰しも税務調査は不安なものです。その不安を税理士に依頼することで払拭でき、不合理な指摘事項があった場合も反論することができます。

申告でわからないことがあれば専門家への相談を検討する

税務調査の事前通知を受けた場合は、早めに税理士などの専門家へ相談することをおすすめします。税務調査を問題なく終えるためには、事前準備や調査当日のスムーズな対応が重要です。また税務調査後に指摘が入ったとしても、修正申告に応じるべきか否かの判断をサポートしてもらうことができ、どうしても納得できない場合は不服を申し立てることもできます。万全の状態で臨めるよう、専門家と連携して税務調査や修正申告の対応をしていきましょう。

この記事の監修者
税理士「今野 靖丈」

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