税務調査による追徴課税とは？仕訳方法や追加納税時の会計処理を解説

税務署による税務調査で申告内容の誤りを指摘されると、本来納めるべき税金に加えてペナルティとしての税金が課されることがあります。何らかの理由によってさらに納める必要がある税金のことを追徴課税と呼びますが、単に不足している本税だけを払えば済むわけではありません。この記事では、税務調査によって追徴課税が生じた場合の仕訳方法について解説します。どのように仕訳を行えば良いのかだけでなく、追徴課税の本質を理解し、今後の確定申告に役立てましょう。

税務調査で発生する追徴課税とは何か？

追徴課税とは、税務署の調査によって過去に申告した税額が、本来納めるべき税額よりも少ない場合に差額分を納付するよう求められることです。追徴課税は単に本来納付が必要な税額、いわゆる本税に留まらず、ペナルティにあたる税金として附帯税も発生します。

追徴課税となった場合は単に過少申告分を納税すれば済むわけではないため、確定申告では正しい数字を記載するよう留意しましょう。

追徴課税の内訳となる附帯税の主な種類

追徴課税のうち、ペナルティにあたる税金を附帯税と呼びますが、さらに「加算税」と「延滞税」「利子税」の3つに大別されることを押さえておきましょう。ここからは、加算税と延滞税の概要について解説します。

申告内容の誤りに対して課される「加算税」

加算税は、申告書の内容に誤りがあった場合に課される税金です。具体的には以下のように種類があり、状況に応じて適切な税金が課されます。

• 過少申告加算税：申告した税額が本来納めるべき税金より少ない場合に課される
• 無申告加算税：申告を怠った場合に課される
• 重加算税：事実を仮装隠ぺいするなど、意図的に脱税したと判断されたときに課される

なお、過少申告加算税は、新たに納める税金に対して10％ですが、申告納税額と50万円のいずれか多い金額を超える場合は15％加算されます。

参考：No.2026 確定申告を間違えたとき｜国税庁

納付の遅延に対して課される「延滞税」

延滞税は、納付期限までに税金を納めなかった場合に、法律に基づいて自動的に発生する税金です。個人事業主における所得税をはじめ、法人税や消費税など、ほぼすべての国税に適用され、納付期限を1日でも過ぎると発生します。

• 法定納期限の翌日から2ヵ月以内：年7.3％、または延滞税の特例基準割合+1％のどちらか低い方
• 法定納期限の翌日から2ヵ月を超えた日以降：年14.6％、または延滞税の特例基準割合+7.3％

なお、「延滞税の特例基準割合」とは、その年の前々年の10月から前年の9月までの国内銀行の新規短期貸出約定平均金利に、年1％を加えた割合のことです。

この割合は毎年見直されるため、延滞税の税率も毎年変動します。

参考：延滞税の割合｜国税庁

還付金に対する利息「利子税」

利子税は、納付期限の延長が認められた場合に課される税金です。納付期限を守らなかった場合の遅延利息に相当する延滞税とは違い、国から納税を猶予してもらうことに対する利息としての性質を持ちます。

所得税法や相続税法の規定による延納等の手続きを踏んだ納税者に発生する仕組みです。

利子税は延滞税よりも低い税率で、納付した事業年度での損金算入もできます。ただし、納付期限までに延納・延長の申請がなければ、自動的に延滞税が課されてしまうため注意が必要です。

参考：延滞税・利⼦税・還付加算⾦についてNo.5300 損金の額に算入される租税公課等の範囲と損金算入時期｜国税庁

税金・税務調査

追徴課税とは？加算税の種類や計算方法、対象期間について解説

【勘定科目】税務調査による追加納税の仕訳方法

税務調査によって追加で税金を納めなければならなくなった場合は、税金の種類によって適切な勘定科目で仕訳をする必要があります。追加で納める税金は、本税、加算税、延滞税の3つに分けられることから、ここからはそれぞれの仕訳方法について解説します。

追加納付する本税（法人税等）の会計処理

法人税や法人住民税、事業税を中心とする本税は、前期の申告が間違っていた場合に生じます。「租税公課」の勘定科目を使用しますが、損金算入できないため注意が必要です。

例えば前期の申告にて法人税の過少申告が発覚し、50万円の追徴課税が確定、普通預金で支払った場合の仕訳方法は下表の通りです。

なお、上表は追加納税分が本税のみの場合の例です。状況によっては加算税や延滞税も加わるため、次の項で解説する方法を参考にしながら仕訳をしましょう。

過少申告加算税や重加算税など「加算税」の会計処理

過少申告加算税などに該当する「加算税」については「租税公課」の勘定科目を使って会計処理します。例えば過少申告加算税として50,000円発生した場合は下表のように仕訳を行います。

なお、加算税は申告内容の誤りに対して課される罰金にあたるため、法人税を計算する場合は損金算入できません。また法人税申告書を作成する場合も、この金額を「損金不算入」と調整する必要がある点も念頭に置きましょう。

納税が遅れた日数分かかる「延滞税」の会計処理

延滞税は、納付期限を過ぎたことで生じる利息のような性質を持つ税金のため、損金算入ができません。例えば延滞税が10,000円発生した場合は下表の通りです。

会計上は加算税と同じく「租税公課」を用いて費用として処理します。

参考：No.5300 損金の額に算入される租税公課等の範囲と損金算入時期｜国税庁

【具体例】追徴課税を現金で納付した際の仕訳

追徴課税を現金で納付する企業もあるでしょう。そのようなときは、追徴課税が確定した時点と現金で納付した時点で仕訳をします. 具体的には下表の通りです。

追徴課税が確定した時点の仕訳において、「未払法人税等」に「租税公課」で計上の必要がある加算税等を含まないよう注意しましょう。

追加納税が発生した際の会計処理と納付の流れ

追徴課税が確定した後の会計処理と納付手続きは、できる限り速やかに行う必要があります。速やかに対応することで、余分な延滞税や罰則を防ぐことができるためです。ここからは修正申告書の提出から納付までの具体的な流れと会計処理のタイミングについて解説します。

納付期限は修正申告書を提出する日まで

税務調査によって追徴課税が確定した場合、通常であれば修正申告書を提出しますが、基本的には不足していた税金も納付するのが一般的です。納付期限は、修正申告書を提出する日までです。高額な納税額、あるいは事業状況の悪化等により資金捻出が難しい場合は、その旨を必ず税務署職員に相談し、放置しないようにしましょう。

参考：【申告が間違っていた場合】｜国税庁

税金・税務調査

税務調査で外注費が認められない？判断基準とリスクを解説

会計処理は修正申告書を提出した事業年度に行う

追徴課税の仕訳は修正申告書提出時点の事業年度で行います。例えば2025年3月期決算の税務調査にて2024年3月期分の追徴課税が2025年6月に確定した場合の仕訳は、2026年3月期の決算で行いましょう。

一度に納税できない場合は猶予制度の利用を検討する

追徴課税額が高額な場合、一度に納税できず困惑することもあるでしょう。結論からお話しすると、納税は定められた期限内に全額納めることが基本と法律で定められているため、分割納付には対応していません。

しかし、災害や事業の廃止等によって一度に納付が難しいときは、納税の猶予や換価の猶予といった制度について税務署に相談できます。猶予制度については以下の記事で解説していますので、把握しておきたい方はこちらも合わせて参考にすることをおすすめします。

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個人事業主必見！所得税の納付期限と延納制度・延滞税について解説！

税務調査を回避するための事前対策

追徴課税を受けないためには、日頃から領収書等の管理を徹底する、経費の計上基準を明らかにする、税理士に相談するといった方法が有効です。こうした項目を気に掛けるようにするだけでも、万が一、税務調査が行われても冷静に対処ができます。

なお、税務調査が入りやすい法人の一例として、以下の項目が挙げられます。

• 売上変動が大きい
• 売上が増加しているにもかかわらず利益が少ない
• 同規模の同業他社に比べて利益率が低すぎる
• 事業規模が大きい

該当する項目がいくつかある場合は、税務調査がどのように行われ、いつから調査が始まっているのかについて把握することをおすすめします。これらについては以下の記事で詳しく解説していますので、この機会に目を通しておくと良いでしょう。

税金・税務調査

税務調査とは？どこまで・何を調べる？流れや個人・法人の対応方法などについて詳しく解説

まとめ

追徴課税は、本来納付が必要な「本税」と、ペナルティを指す「附帯税」で構成されます。会計処理の際は本税を「法人税、住民税及び事業税」で計上し、加算税や延滞税といった附帯税は「租税公課」などの費用科目で処理しましょう。

会計処理は、過去の決算を修正するのではなく、修正申告書を提出した事業年度に行うことが大切です。

税務調査や追徴課税を未然に防ぎたい事業担当者様は、この機会に「小谷野税理士法人」までお気軽にご相談ください。