修正申告のやり方とは？手続きの流れ・必要書類・注意点を解説

確定申告を提出した後に誤りに気づいた場合には、「修正申告」という手続きを行うことで訂正が可能です。放置すると延滞税や加算税などのペナルティが発生するケースもあるため、早めの対応が重要です。本記事では、修正申告の基本的なやり方や必要書類、注意点、よくある質問まで丁寧に解説します。修正申告の手続きに不安がある方は最後までご覧ください。

修正申告とは？

修正申告とは、すでに提出した確定申告に誤りがあった場合に、正しい内容に訂正するための手続きです。主に、所得の申告漏れや経費の計算ミスなどで、実際よりも少ない税額を申告していたときに利用されます。

参考：【申告が間違っていた場合】｜国税庁

関連記事：【税理士監修】確定申告が間違っていたときの修正申告のやり方・流れ

関連記事：修正申告とは？税務調査で修正申告が発生するのはどんな時なのか詳しく解説

「更正の請求」との違い

一方で「更正の請求」とは、申告済みの内容に誤りがあり、納めた税金が本来よりも多すぎた場合に、税務署に対して訂正と還付を求める手続きを指します。

例えば、控除の記載漏れや経費の過小計上、計算誤りによって税額が過大になっていたケースなどが該当します。

修正申告と異なり、更正の請求では納税者が訂正を求め、税務署がその内容を審査し、是認されれば修正が行われます。つまり、主導権は税務署側にある点が大きな違いです。

修正申告の対象になるケースとは？

確定申告を提出したあとに、誤りや記載漏れに気づいた場合でも、内容によっては修正申告が必要になります。どのような誤りが該当するのかを事前に把握しておきましょう。

所得の申告漏れがあった場合

申告すべき所得を漏らしていた場合は、修正申告が必要です。副業収入や不動産所得、年金、仮想通貨の雑所得などを申告していなかった場合、税額に差が生じるため訂正が求められます。

内容によっては、後日、税務署から指摘を受ける可能性があるため、気づいた時点で速やかに対応しましょう。

参考：No.2024 確定申告を忘れたとき｜国税庁

経費を重複して計上していた場合

経費を二重に計上していた場合は、過少申告となるため修正申告が必要です。意図的でなくても税額に影響が出ている場合は訂正を行いましょう。

一方、経費を入れ忘れて税額が多くなっていた場合には、「更正の請求」による手続きが必要になります。

参考：No.2026 確定申告を間違えたとき｜国税庁

控除や特例の適用に誤りがあった場合

控除額を多く記載していたり、適用できない特例を使っていた場合は、税額が少なくなっているため修正申告が必要です。

特に住宅ローン控除や医療費控除、扶養控除などは金額が大きく、少しの誤りでも税額に大きな影響を与えるため注意しましょう。

計算ミスにより税額が過少となっていた場合

所得や控除額、税率などの計算ミスにより税額が少なくなっていた場合も修正申告が必要です。

手書きや表計算ソフトでの入力間違いなど、単純なミスでも税額に影響があるため、発見次第、正確に再計算し修正申告を提出しましょう。

修正申告のやり方

修正申告は、誤った申告内容を正しく訂正するための重要な手続きです。事前に申告の流れを把握しておきましょう。

1. 修正申告書を作成する
2. 税務署に提出する
3. 追徴税を納付する

修正申告書を作成する

確定申告に誤りがあった場合は、修正後の正しい内容に基づいて申告書を作り直しましょう。確定申告と同じ様式を使用し、訂正が必要な箇所を正確に記入します。

作成方法には、e-Taxを利用する方法と紙で作成・提出する方法の2通りがあります。

参考：令和６年分の確定申告書等作成コーナー公開以前に作成された確定申告書データ（.data形式）を利用する場合｜国税庁

税務署に提出する

修正申告書を作成したら、次は税務署への提出です。e-Taxと紙で提出方法が異なるので注意しましょう。

参考：令和７年１月からの申告書等の控えへの収受日付印の押なつについて｜国税庁

参考：当初、提出した申告データに誤りがあり、訂正したいのですがどうすればいいですか。| 【e-Tax】国税電子申告・納税システム(イータックス)

追徴税を納付する

修正申告によって納税額が増えた場合、その提出日が追加納付の期限となります。

納付は、税務署窓口や金融機関、インターネットバンキング、コンビニ、クレジットカードなど、確定申告と同様の方法で行えます。速やかに納税を済ませましょう。

参考：【税金の納付】｜国税庁

修正申告に必要な書類

修正申告では、正しい内容に基づいた申告書類の再作成と、それを裏付ける証拠書類の提出が求められます。誤りの内容に応じて必要な書類は異なるため、あらかじめ確認して準備しておきましょう。

確定申告書第一表・第二表

元の申告書と同じ様式を用い、誤りを訂正したうえで新たに作成します。第一表・第二表に正しい金額を記載し、右上欄外などに「修正申告」と明記する必要があります。

e-Taxでは自動で修正扱いとなるため、明記は不要です。

参考：申告に誤りがあった場合など｜国税庁

修正内容を証明する書類

収入の計上漏れや経費の過大計上などを修正する場合には、内容を裏付ける資料が必要です。給与明細や源泉徴収票、領収書、契約書、帳簿など、該当する誤りの内容に応じた証拠書類を準備しましょう。

控除・特例に必要な添付書類

控除や特例の金額を訂正する場合には、対象となる添付書類も提出が必要です。

例えば、医療費控除の明細書や住宅ローン控除の借入金残高証明書などです。未提出だった場合は新たに添付しましょう。

本人確認書類（紙で提出する場合のみ）

修正申告書を紙で提出する際は、マイナンバーカードや運転免許証のコピーなどの本人確認書類が求められます。

e-Taxによる電子申告では本人確認はシステム上で完結するため、別途書類の添付は不要です。

修正申告の時効とペナルティ

修正申告はいつまでに提出できるのか、間に合わなかった場合にどのような不利益が生じるのでしょう。適切に対処するために、基本的なルールを押さえておきましょう。

修正申告できる期間

修正申告には明確な年数が一律に定められているわけではありません。ただし、提出が大幅に遅れると、加算税や延滞税などのペナルティが発生する可能性があるので注意しましょう。

関連記事：修正申告で延滞税はかかる？計算方法・納付方法・勘定科目も解説

加算税・延滞税が発生する可能性

修正申告により税額が増えると、過少申告加算税（通常10〜15％）や延滞税が発生する場合があります。

延滞税は納付の遅れた日数に応じて、課されるものです。修正申告が遅れるほど負担が重くなるため、早期に納付しましょう。

参考：No.9205 延滞税について｜国税庁

関連記事：確定申告で納税し忘れたら延滞税はいくら？具体例と早見表で解説

自主的な申告でペナルティを回避できる場合がある

税務署からの調査通知前に、自主的に修正申告を行えば加算税が軽減または免除される可能性があります。

特に、ミスに気づいた段階で速やかに対応すれば、悪質と判断されるリスクも低くなり、ペナルティを最小限に抑えられるでしょう。

参考：No.2026 確定申告を間違えたとき｜国税庁

修正申告を行う際の4つの注意点

修正申告はミスを正すための重要な手続きですが、対応を誤ると税務リスクが高まるおそれがあります。確実に手続きを進めるために押さえておきたい4つのポイントを解説します。

1. 税務署からの連絡前に自主的に申告するのが得策
2. 修正の根拠となる資料をあらかじめ準備しておく
3. 更正の請求と重複する申請を避けることが重要
4. 税額が変わらなくても誤りは正しく訂正する

税務署からの連絡前に自主的に申告するのが得策

前述の通り、修正申告は税務署からの調査通知が届く前に自主的に行うことで、加算税の軽減や免除といった優遇措置を受けられる場合があります。

調査後に発覚した場合よりも、納税者にとって有利な取り扱いとなるため、誤りに気づいた時点で速やかに修正手続きを行いましょう。

修正の根拠となる資料をあらかじめ準備しておく

修正申告の内容を税務署に認めてもらうためには、訂正の根拠となる領収書・請求書・契約書などの資料が必要です。証拠が不十分だと受理されない場合や再確認を求められることもあります。申告前に裏付け資料を揃え、記載内容と整合性が取れているかを丁寧に確認しましょう。

参考：４ 書面添付・意見聴取制度｜国税庁

更正の請求と重複する申請を避けることが重要

修正申告と更正の請求は目的が異なり、税額を増やすか減らすかで使い分けが必要です。両方を同じ内容で同時に行うことはできず、重複すると手続きが無効になるおそれがあります。

どちらが適切かを申告内容に応じて見極め、申請の混同を避けましょう。

税額が変わらなくても誤りは正しく訂正する

申告内容に誤記や記載漏れがあっても税額に影響しないケースは軽視されがちですが、誤りを放置すると意図的な虚偽申告と受け取られるリスクがあります。

後の税務調査で不審に思われないよう、些細なミスでも正確に訂正し、適切な申告履歴を残しましょう。

修正申告に関してよくある質問

修正申告にまつわる不安や疑問は、多くの納税者から寄せられています。よくある質問を取り上げてお答えしますので、申告時の参考にしてください。

修正申告を何度も出すことは可能ですか？

はい、同じ申告内容に対して複数回修正申告を提出できます。

ただし、繰り返し修正があると税務署からの確認対象となるリスクが高まるため、内容を十分に精査した上で慎重に手続きを進めましょう。

納付が遅れたらどうなりますか？

修正申告により納税額が増えた場合、納期限から納付日までの日数に応じて延滞税が発生する可能性があります。

事情によりすぐに納付が難しい場合は、早めに所轄の税務署や納税相談センターに相談し、分納や猶予制度の活用も検討しましょう。

間違って申告したけど税額に差がない場合はどうすれば良いですか？

税額に影響のない誤記であっても、将来的な税務調査のリスク回避のため、税務署への相談をおすすめします。

軽微な記載ミスや添付漏れであれば、修正申告をしなくても税務署側で訂正処理を行ってくれるケースもあります。

修正申告のやり方に不安がある方は税理士に相談を

修正申告は正しい手順を踏まなければ、余計な追徴課税や再提出のリスクが伴います。税額計算の誤りや添付書類の不備によって、かえって不利になるケースも少なくありません。

特に高額所得や複雑な控除適用が絡む場合、自力での手続きには限界があるでしょう。そうした場合は、税理士に相談すれば正確な修正と適切な対応が可能となります。

小谷野税理士法人では、確定申告や修正申告に関する豊富な実績とノウハウを活かし、スムーズな申告支援を行っています。修正申告に少しでも不安がある方は、ぜひ一度小谷野税理士法人にご相談ください。