【2025最新】事業承継・M&A補助金の申請方法や採択のポイントまとめ

2025年版の事業承継・M&A補助金は、親族内承継からM&A後の統合支援など企業の多様な課題に対応する制度として整備されています。しかし、申請には制度ごとの要件や申請枠の選定、補助率、対象経費の理解が欠かせません。この記事では、最新の制度概要から採択率の傾向、申請の流れや成功のポイントまでを徹底解説します。申請を検討している経営者や後継者候補の方は、ぜひ参考にしてください。

事業承継・M&A補助金の目的

事業承継・M&A補助金は、中小企業が円滑に事業承継やM&Aを行えるよう支援し、日本経済の活性化を目指すための制度です。この補助金が設けられた背景には、日本の中小企業が抱える「後継者不足」の深刻な問題があります。

経営者の高齢化が進むなか、後継者が見つからず、業績が良好な企業であっても廃業せざるを得ないケースが増加しています。経営資源の消失は、地域経済や雇用にも大きな影響を与えるため、早急な対策が求められています。

実際に、2020年には約5万件もの廃業が発生し、そのうち6割以上が黒字企業でした。こうした状況を受け、M&Aによる事業承継の重要性が高まっています。

しかし、M&Aを必要とする企業は約60万社とされる一方、実際に実施されているのは年間3〜4千件程度と、ギャップが非常に大きいのが現状です。

事業承継・M&A補助金は、このように経営資源を次世代につなぎ、日本全体の生産性や持続可能性を高めるための重要な施策です。後継者不在による廃業を防ぎ、企業の価値を守るためにも、この補助金制度の活用が強く期待されています。

関連記事：事業承継とは？中小企業の経営者が知っておくべき基礎知識と成功のポイントを解説！

事業承継・M&A補助金の対象

本補助金の対象となる中小企業者は業種ごとに資本金や従業員数の上限が定められています。例えば製造業は資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業は資本金1億円以下または従業員100人以下などが基準です。

ただし、上場企業の100％子会社や、過去3年の課税所得の年平均が15億円を超える企業などは対象外です。個人開業医や法人農家は含まれますが、医療法人や学校法人などは対象外となります。

参考：中小企業生産性革命推進事業 事業承継・M&A補助金 専門家活用枠【公募要領】

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事業承継・M&A補助金の要件

事業承継・引継ぎ補助金の概要一覧を以下の表にまとめました。

事業承継・引継ぎ補助金は、親族内承継やM&Aの円滑な実施、PMI（統合プロセス）支援など多様なニーズに応じて、複数の枠組みで構成されています。補助上限額や補助率、対象経費は類型ごとに異なるため、自社の状況や活用目的に応じた適切な枠を選びましょう。

参考：事業承継・M&A補助金のご案内｜補助金活用ナビ

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事業承継・M&A補助金の申請～交付の流れ

事業承継・引継ぎ補助金の申請は、以下のステップに沿って進めるのが基本です。補助金の申請から交付の流れを、一つずつ確認していきましょう。

①対象の申請枠を確認する

まずは、自社の状況がどの申請枠に該当するかを確認します。特に「専門家活用枠」や「PMI推進枠」などは要件が細かいため、公募要領を参考にしながら適切な枠を選びましょう。

②補助金制度を理解する

事業承継・引継ぎ補助金には、以下の4つの枠があります。

1. 事業承継促進枠
2. 専門家活用枠
3. PMI推進枠
4. 廃業・再チャレンジ枠

申請前には、制度内容をパンフレットや公募要領で確認し、補助対象や経費、補助率などの詳細を正確に把握しておくことが重要です。

③交付申請の準備を進める

申請には、次のような準備が必要です。

• gBizIDプライムの取得（jGrantsで申請するために必要）
• 履歴事項全部証明書、住民票などの必要書類の取得
• 申請書への記入、補助事業の立案
• 必要な添付書類の整理

補助金制度は複雑で、準備すべき書類も多岐にわたります。不備があると申請が通らない場合もあるため、専門家のサポートを受けながら進めると安心です。

④jGrantsで交付申請を行う

申請は、国のオンライン補助金システム「jGrants（ジェイグランツ）」から行います。この際に必要な「gBizIDプライム」の取得は、事前に済ませておく必要があります。

フォーム申請に誤りがあると、不備として扱われ、補助金が受けられない可能性があります。そのため申請の際は、正しい申請フォームを選んで慎重に進めましょう。

参考：生産性向上を目指す皆様へ

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事業承継・M&A補助金の採択率

令和5年度の「事業承継・引継ぎ補助金」では、事業区分ごとに採択率が異なりました。経営革新事業が60.7％、専門家活用事業が60.0％と比較的高い一方、廃業・再チャレンジ事業は35.7％と低めでした。

令和7年度についても4つの申請枠が想定され、それぞれの採択率は以下の通りに予測されます。

申請にあたっては、採択率が高い枠を選ぶことも重要な戦略です。正式な公募要領が公開されたら、最新情報を確認のうえ適切な対応を検討しましょう。

事業承継・M&A補助金に採択されるための5つのポイント

事業承継・M&A補助金は競争率の高い補助制度であり、ただ申請するだけでは採択されません。採択率を高めるために、以下のポイントを押さえて戦略的な準備をしましょう。

具体性のある事業計画を作成する

補助金の活用目的や事業の全体像を明確に記載することが採択のカギとなります。特に、事業承継後の成長戦略M&A後の経営統合計画（PMI）は、将来のビジョンと実行性を具体的に示しましょう。

採択基準を意識した構成にする

申請書は、補助金の趣旨や採択基準に合致しているかどうかが評価されます。例えば「地域経済への波及効果」や「賃上げなど成長戦略への貢献」といった視点を盛り込むといった戦略も効果的です。審査において好印象を与えるために、採択基準を意識した構成を作成しましょう。

最新の制度改正を把握する

補助金制度は年度ごとに内容が見直されます。そのため補助率や対象経費の変更点を確認し、それに合わせた事業計画を立てなくてはいけません。補助金申請の際は公式サイトを確認して、自社が申請対象かどうかなどを確認して手続きを進めましょう。

書類の不備を避け、締切を厳守する

申請書の記載漏れや添付書類の不備は、たとえ内容が優れていても不採択の原因になります。基本的な書類不備を防ぐために提出前のダブルチェックは欠かさずに行いましょう。また、jGrantsの操作ミス防止のため申請書の作成マニュアルも作っておくと安心です。

専門家の支援を活用する

事業承継・M&A補助金を活用するうえで、税理士などの専門家に相談するのもひとつの手段です。この補助金制度は「なぜその投資が必要なのか」「どのようにして経営資源を引き継ぐのか」など財務的・経営的な裏付けが問われます。

申請書では譲渡益・譲渡損の計算、企業価値の見積もり、事業再構築後の収支計画など、専門的な知識が求められる場面が多いです。これらを自己判断で作成すると、どうしても説得力や整合性に欠け、採択率が下がる原因になりかねません。

その点、税理士は企業の経営状況や資金繰り、財務の健全性を第三者の視点から分析・助言できる存在です。申請に必要な計画の策定や数値根拠の整備から、制度ごとのリスクや活用時の注意点まで含めて、トータルでサポートしてくれるでしょう。

まとめ

事業承継・M&A補助金は、事業の継続や再構築を支えるために設けられた重要な支援制度です。事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠はそれぞれ異なる補助上限・補助率・対象経費があります。

申請にはgBizIDの取得や事業計画の立案、申請書類の作成など多くの準備が求められるうえ、制度理解も不可欠です。

また採択率は枠ごとに異なり、60％前後と比較的高い枠もあれば、30％台にとどまる枠も存在します。そのため、自社の状況に適した枠を選定し、採択されやすい申請書を整えることがカギとなるでしょう。

補助金の申請は専門的な知見が求められる場面が多いため、税理士などの専門家の支援を受けて手続きを進めるのもおすすめです。事業承継・M&A補助金の申請を確実に進めたい方は、ぜひ「小谷野税理士法人」までお気軽にお問い合わせください。