総合課税と申告分離課税はどちらが得？仕組みの違いと判断ポイントを解説

所得に応じた税金の計算方法には「総合課税」と「申告分離課税」があります。聞いたことはあっても、それぞれの違いや自分にとってどちらが有利なのか、迷う方も多いのではないでしょうか。課税方式によって税負担が大きく変わることもあるため、正しく理解することが大切です。本記事では、制度の基本的な仕組みに加え、年収・所得の種類・控除の有無などの状況に応じて、どちらが有利かを見極める視点をわかりやすく解説します。

総合課税と申告分離課税の違いとは？

所得税には「総合課税」と「申告分離課税」という2つの課税方式があります。

総合課税は、給与や年金、不動産収入など複数の所得を合算し、所得が増えるほど税率も高くなる累進課税方式ですが、もう一方の申告分離課税は、株の売却益や土地の譲渡益など特定の所得のみを分離し、一定の税率で課税する方式です。

課税方法や適用される控除、損益通算の可否などが異なるため、それぞれの制度を理解したうえで、自身の状況に応じて判断しましょう。以下に、基本的な違いをまとめます。

参考：No.2220 総合課税制度｜国税庁

参考：No.2240 申告分離課税制度｜国税庁

所得の合算と税率の違い

総合課税は、他の所得とまとめて課税されるため、所得が多くなると税率も上がります。

例えば、給与や年金、不動産収入などを合計して税額を計算する仕組みで、所得が高いほど高い税率がかかる「累進課税」が適用されます。

一方の申告分離課税は、株の売却益や土地の譲渡益などを他の所得と分けて、一定の税率（例：20.315%）で課税するため、所得が多い人ほど、分離課税の方が税率を抑えられて有利になるケースがあるでしょう。

所得控除の適用可否

総合課税は、基礎控除や扶養控除、医療費控除、社会保険料控除などさまざまな所得控除を適用可能です。

一方の申告分離課税は、原則としてこれらの控除が適用できない可能性があるため、同じ所得金額でも納税額に大きな差が生じることがあります。

損益通算の可否

総合課税に含まれる所得（例：不動産所得や事業所得）が赤字だった場合、他の所得と損益通算して全体の課税所得を減らすことが可能です。

一方、申告分離課税の対象となる所得（例：株式譲渡損）は、原則として他の所得と通算できません。損失は同種の所得内での通算や翌年以降への繰越が必要です。

関連記事：株の損失は確定申告でお得？節税のための損益通算・繰越控除について

総合課税と申告分離課税のどちらが得かを判断する5つのポイント

総合課税と申告分離課税の違いは税負担に大きな差をもたらします。どちらを選ぶと得になるのかを判断するために押さえておきたい以下5つの重要な視点について解説します。

1. 所得の多寡
2. 控除の活用状況
3. 他の所得との組み合わせ
4. 対象所得の性質
5. 将来の住民税や保険料への影響

所得の多寡

所得が多い人は申告分離課税の方が有利になる可能性があるでしょう。

総合課税では所得が高くなるほど適用される税率が上がるため、高所得者ほど税負担が重くなりますが、申告分離課税では一定の税率で課税されるため、累進課税による負担増を回避できます。

控除の活用状況

所得控除を多く活用できる人は総合課税の方が有利と言えるでしょう。

総合課税では、基礎控除・扶養控除・医療費控除・社会保険料控除などが適用され、課税対象額を減らすことができます。これにより、税率が高くても最終的な税額が抑えられる可能性があるでしょう。

一方、申告分離課税ではこれらの控除が使えない可能性があるため、控除を活かせる人には不利となることがあります。

他の所得との組み合わせ

赤字の所得がある場合は総合課税で損益通算できる方が有利です。

例えば、不動産所得や事業所得に赤字がある場合、総合課税の枠内であれば給与所得などと損益通算が可能です。これにより課税所得が減り、税負担を軽減できます。

反対に、申告分離課税の所得（株式譲渡益など）は他の所得と通算できず、赤字を他で相殺できない点が不利になるでしょう。

対象所得の性質

一部の所得は課税方式を選べないため、制度上有利不利を論じられないこともあります。

株式の譲渡益や土地・建物の売却益などは、法律で申告分離課税が適用されると定められており、総合課税を選ぶことはできません。

また、配当所得や一部の雑所得など、選択が可能な場合でも申告方法により社会保険料への影響が異なることがあるため、所得の性質を把握したうえで適切に判断する必要があるでしょう。

将来の住民税や保険料への影響

総合課税を選ぶと、所得に応じて住民税や社会保険料も増える可能性があるでしょう。

総合課税で課税所得が増えると、それを基に計算される住民税や国民健康保険料、介護保険料なども上昇します。特に住民税は前年の所得を基に課税されるため、課税方式の選択が翌年の負担に影響する点に注意しましょう。

一方、申告分離課税では原則としてこれらの基準所得に含まれないため、負担増を避けられることがあります。

総合課税・申告分離課税、どちらを選ぶと得なのかをケース別でご紹介

課税方式の違いは、所得の種類や金額、控除の活用状況などに応じて有利・不利が大きく変わります。以下で、ケースごとにどちらの課税方式が適しているかを解説します。

年収が低めで控除をフル活用できる方

控除をフルに活用できる方は、総合課税の方が有利でしょう。基礎控除や扶養控除、医療費控除などの所得控除をしっかり適用できれば、課税所得が大きく圧縮され、累進課税のデメリットを抑えられます。

控除が税額に直接反映される総合課税の仕組みを最大限に活かすことで、年収が低い場合でも税負担を大きく減らすことが可能です。

年収が高く、配当や譲渡益がある方

高所得者には申告分離課税の方が有利になる場合があります。年収が高くなると、総合課税では適用税率が30%や45%などの高水準に達し、配当や譲渡益に対する課税が重くなります。

一方、申告分離課税ならこれらの所得は一律約20.315%で済むため、結果として税負担を軽く抑えられるでしょう。高額な資産運用益がある人ほど、分離課税が有利になる傾向があります。

一時的な高額所得がある方

一時的な収入増の年は、分離課税の有無が重要です。退職金や保険の満期金、一時所得が発生した年に総合課税を適用すると、他の所得と合算されて高い税率が適用される可能性があります。

このような場合でも、対象の所得が申告分離課税の扱いとなれば、一定税率で課税され税額を抑えられる可能性があるでしょう。所得の種類と課税区分を事前に確認することが重要です。

総合課税・申告分離課税に関してよくある質問

総合課税と申告分離課税に関しては、制度の仕組みが複雑なこともあり、多くの方が判断や申告方法に迷いがちです。ここでは、特によくあるご質問を取り上げてわかりやすく解説します。

課税方式は選べますか？

所得の種類によっては課税方式を選べるものもあります。

原則として、課税方式は法律で決まっており、給与や年金、不動産所得などは総合課税、株式譲渡益や土地売却益などは申告分離課税が適用されますが、配当所得については「総合課税」と「申告分離課税」のいずれかを選択できるケースがあります。

選択可能な場合は、控除や損益通算、住民税への影響も含めて税額シミュレーションを行い、有利な方式を選ぶのが得策でしょう。

申告しなかったらどうなりますか？

申告不要な場合もありますが、申告すべきケースもあるため注意しましょう。

例えば、預金利子や源泉徴収ありの特定口座での株式譲渡益などは、源泉分離課税が適用されているため基本的に申告不要ですが、株式の損失を翌年以降に繰り越したい場合や、損益通算を行いたい場合は、確定申告をする必要があります。

また、複数の所得がある場合や、所得額によっては申告義務が生じるケースもあるため、個別の事情に応じた判断が求められます。

住民税では課税方式を変えられるって本当ですか？

現在は、住民税だけ課税方式を変えることは原則できなくなっています。

以前は、配当所得について、所得税では申告しつつ、住民税では「申告不要」を選ぶことで、課税所得を抑え、国保や介護保険料の負担を軽減できる制度がありました。

しかし、2022年度の税制改正により、2023年分以降は所得税と住民税の課税方式を原則として一致させることが義務化されています。

一部の自治体では独自に柔軟な対応をしている場合もありますが、利用する際は必ずお住まいの自治体に確認しましょう。

総合課税か申告分離課税、課税方式の選択でお悩みの方は専門家に相談

総合課税か申告分離課税かの判断を誤ると、数万円単位で税負担に差が出ることがあります。特に複数の所得がある方や、不動産・株式などの譲渡益がある方、自営業者の方は、税制の複雑さから誤った選択をしてしまいがちです。

このようなリスクを回避するためにも、課税方式の選択は税務の専門家に相談するのが安心でしょう。

小谷野税理士法人は、幅広い税務に対応できる経験豊富な税理士が在籍する税理士事務所であり、最新の税法に基づいて、総合課税・申告分離課税の判断や、控除・損益通算の活用方法まで分かりやすくアドバイスしてくれます。

「どちらの課税方式を選べば得なのか分からない」「間違えたくない」という方は、ぜひ小谷野税理士法人へご相談ください。