吸収合併時の税務処理｜仕訳や申告のポイントを解説

複数の会社が法的に融合する「吸収合併」では、企業の財務担当者や税理士に煩雑な税務処理が求められます。申告時には正しい資産評価額を計算し、税額控除や免除が適用されるかどうかを確認しなければなりません。また、合併に伴う特例措置や税務上の利益計上についても、事前に確認していきましょう。

吸収合併とは

吸収合併とは、1つの企業のみ法人格を残したまま、もう1つの企業の法人格を消滅させる形で合併を行うことです。合併後には法人格が存続している会社に、消滅した会社の権利義務のすべてが承継されます。

吸収合併は企業の再編や市場競争力強化を目的として選ばれる手段です。吸収合併では、複数の会社の資産や負債、権利義務が統合されます。

合併後には吸収された企業は解散しますが、合併する側も合併される側も財務報告や税務申告において特定の手続きをしなくてはなりません。

吸収合併の種類

吸収合併には数種類の形があります。それぞれの方法によって税務処理方法が異なるため、自社がどのタイプの吸収合併を考えているのか確認しておきましょう。

親子会社間の合併

親会社が子会社を吸収するタイプの合併は、グループ会社経営の効率化が目的のケースが多くみられます。会社によっては、負債を抱えた子会社を救済するための措置として選ばれているかもしれません。親会社が子会社を吸収する場合は、子会社の資産や負債を引き継ぐための仕訳・申告手続きが必要です。

対等合併のケース

同程度の規模の企業が合併し、新たな企業としてスタートする合併を「対等合併（新設合併）」と呼びます。将来的に受け取る経済的価値も同程度のものとなるため、合併当事者同士が対等な立場での経営を続けていける点が特徴です。

対等合併の場合も、双方の資産価値や負債額を正確に算出し、それに基づいた税務処理が必要です。

異なる業種間の合併

新たな市場開拓・販路拡大を目的として、異業種の企業を吸収合併するケースもあります。異業種間での吸収合併を行う場合は、異業種特有の資産や負債をどのように評価し、税務処理を行うかがポイントです。

適格合併と非適格合併の違い

合併には適格合併と非適格合併があり、それぞれ税務上の取り扱いが異なります。

適格合併では資産や負債は簿価で引き継がれるため譲渡益課税は発生しません。一方で、非適格合併では資産が時価で評価されるため譲渡益課税が発生します。

具体的な税務処理や仕訳方法は、合併契約の内容や各企業の財務状況に応じて判断が異なります。

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適格合併の税務処理

合併の税務処理や仕訳方法は、企業の財務担当者が必ず押さえるべきポイントです。税務リスクを軽減し、財務状況を最適化するための税務処理について見ていきましょう。

適格合併の要件

適格合併は、合併対価や合併前の支配関係など特定の要件を満たすことで認められる合併形態です。企業の財務担当者や税理士は、適格合併として認められる以下の要件に注意しましょう。

• 金銭等不交付要件：合併法人の株式または合併法人の完全親法人の株式のいずれか一方の株式以外の資産が交付されないこと
• 継続保有要件：合併対価として交付された株式を、公正な評価に基づき合併後も保有し続けること
• 事業移転要件：合併後に概ね80％以上が合併法人の業務に従事することが見込まれること
• 事業継続要件：合併消滅法人の主要事業を合併後も引き続き営むことが見込まれること
• 事業関連性要件：被合併法人の主要な事業と合併法人のいずれかの事業とが相互に関連するものであること
• 選択要件：同等規模要件または双方経営参画要件のいずれか一方を満たすこと

選択要件とは以下のような要件です。

• 双方経営参画要件：合併前の、合併法人の特定役員のうち１名以上と、被合併法人の特定役員のうち１名以上とが、それぞれ合併後の合併法人の特定役員となることが見込まれていること
• 同等規模要件：合併法人と合併消滅法人の売上高や従業員数などが5倍を超えないこと

もちろん、上記の要件を満たすだけではなく、法律で定められた手続きを順守しないと、適格合併として認められません。

適格合併時の法人税処理

まず、被合併企業の株式の評価を正しく行い、会計帳簿に反映させなければなりません。これは後の税務処理や申告のためにも必要な準備になります。

被合併会社から引き継ぐ繰越欠損金の処理は、将来の税負担軽減に直結するため必ずチェックをしましょう。被合併会社から承継された資産についても正しい評価を行い、財務諸表に反映させます。

合併消滅法人も最後年度の確定申告を行い、合併法人はそれを元にして帳簿価額の税会不一致や増加株主資本の相違についてチェックをします。

合併法人は譲渡された資産・負債を帳簿価格で受け入れ、会計処理や税務処理の違いに気づいたら差額を税務調整します。

適格合併時の所得税処理

まず、被合併会社の役員報酬について正しく評価・報告しましょう。資本金の額も正しく計算し、合併会社に同額を増額・もしくは減額させます。報酬履歴をチェックして、合併後の適用基準と齟齬がないよう調整しなければなりません。

次に、従業員給与の引継ぎも行いましょう。被合併会社の給与体系を正確に引き継ぐため、新合併会社での給与支払い報告書の作成が必要です。

最後に、所得税の源泉徴収も正しく行いましょう。合併後は新しい組織体系や報酬制度が適用されるため、源泉徴収の計算も不備がないよう確認します。

非適格合併の税務処理

非適格合併は企業間の合併において、特定の要件を満たさない場合の合併方法です。非適格合併の場合は受取資産や負債の評価方法が異なり、合併差益または差損が計上されます。

非適格合併の特徴

非適格合併は、合併前の完全支配関係や事業移転要件など、税務上の優遇措置を受ける要件を満たさない合併です。

具体的な特徴として、合併前の法人の資産や負債は時価に基づき、譲渡益や譲渡損が発生します。さらに、合併消滅法人の残存利益や欠損金は引き継がれず、納税義務も発生します。

また、合併法人と消滅法人の適用税率や申告内容が異なるため、それぞれの法人で煩雑な税務処理が求められます。

非適格合併時の法人税処理

非適格合併ではまず、合併消滅法人の資産譲渡益をチェックしなければなりません。市場価値と簿価の差額は譲渡益として計上されます。

負債の引継ぎに関しても同様に、合併消滅法人の負債を評価して、場合によっては譲渡損が発生するでしょう。どちらの法人も、譲渡損の適切な認識により互いの財務状況の透明性を維持することがポイントです。

また、非適格合併後には、消滅した合併消滅法人の欠損金は引き継がれません。つまり合併消滅法人の欠損金は合併後の法人の損益には反映されず、節税効果が下がる可能性があります。

非適格合併時の所得税処理

まずは合併消滅法人の役員や従業員に対して、退職金や賞与などを適切に処理しなくてはなりません。合併によって従業員が再雇用される場合でも、所得税法上の扱いが変更されることがあるため、事前に詳細を確認・周知しておきましょう。

次に株主に対する課税も確認します。非適格合併によって合併法人の株式を取得する場合、その株式譲渡益は課税対象になります。株式譲渡益に対する仕訳や税務処理を適切に行う必要があります。

合併に伴う特別な税務処理

合併は企業にとって戦略的な判断ですが、義務が発生する税務処理には専門的知識・経験が求められます。なかでも繰越欠損金の取り扱いや消費税、不動産取得税、登録免許税の処理に注意しましょう。

繰越欠損金の取り扱い

吸収合併に際して、財務担当者は被合併会社の繰越欠損金の取り扱いに注意しましょう。そもそも繰越欠損金を引き継ぐためには、以下の要件を満たさなければなりません。

継続する事業要件

被合併会社が存続している事業を引き継ぎ、継続経営することが要件です。この要件を満たさない場合、適格合併としても認められません。

全株式保有要件

合併により完全支配関係が成立することが要件です。合併後も企業グループ内での相乗効果を高めることが目的です。

関連性要件

合併前の両社の事業に関連性があることが要件です。事業の発展性や将来的な成長戦略のための合併であることを示す必要があります。

消費税、不動産取得税、登録免許税の処理

合併に伴う税務処理では、消費税、不動産取得税、登録免許税の扱いにも注意しましょう。まず、消費税については、適格合併・非適格合併を問わず課税対象外として扱われます。

合併・株式交換によって不動産を引き継いだ場合、不動産取得税は非課税とされています。ただし、現物出資および事業譲渡によって不動産を引き継いだ場合には、不動産所得税が課されます。不動産は評価額に基づいて課税されます。

登録免許税の税率は、固定資産の価額に基づいて計算されます。現物出資および事業譲渡によって登記の対象となる権利を取得した場合、その不動産登記に対する登録免許税が発生します。また、株式交換の場合には、株式交換における変更のための登録免許税も計算します。

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吸収合併時の仕訳

吸収合併は企業の成長戦略や経営効率化の手段として広く行われていますが、その税務処理は煩雑で複雑です。吸収合併時の仕訳処理については、適格合併と非適格合併で異なる点も注意が必要です。

合併のパターンとその違いについて理解することや、何か分からないことは専門の税理士に相談・依頼することも検討しましょう。

吸収合併時の基本的な仕訳

吸収合併における仕訳処理は、合併企業が被合併企業の資産と負債を受け取った時点から始まります。被合併企業の純資産の受け取りに対して、新たに交付する株式やその他の対価を計上して仕分けを行います。

例えば、被合併企業の資産を取得する場合は次のように仕訳をします。

（借方）資産 XX円

（貸方）被合併企業に対する債務 XX円

次に、被合併企業の負債を引き継ぐ場合の仕訳は以下の通りです。

（借方）被合併企業に対する債務 YY円

（貸方）負債 YY円

適格合併時の仕訳例

適格合併では、被合併企業の資産や負債は簿価で引き継がれます。そのため、継続企業の経営方針や株式の比率が重視されます。

適格合併時の具体的な会計上の仕訳例は以下が考えられます。

被合併企業の簿価資産を取得した場合

会計上と税務上では仕訳が異なる可能性があるため、税務調整が必要です。

非適格合併時の仕訳例

非適格合併の場合、被合併企業の資産および負債は時価で引き継がれます。その際の資産評価や負債評価の差額が、合併利益として計上されることもあるでしょう。

被合併企業の資産を時価で取得する際の会計上の仕訳例は、以下が考えられます。

会計上と税務上では仕訳が異なる可能性があるため、税務調整が必要です。

申告時のポイント

吸収合併の際は税務処理を行うだけでなく、正しく書類を準備し提出することが必要です。

必要な書類を適切に把握する

吸収合併における税務申告では、以下の書類が必要です。

合併契約書

合併における条件や効力発生日などが記された契約書です。他の書類は合併契約書を基に作ることになります。

株式移転契約書

吸収合併に伴う株式の移転が行われることを記した契約書です。

固定資産台帳

承継される資産を記載した台帳です。相違がでないよう正しい金額を記入します。

財務諸表

吸収合併前後の財務諸表です。それぞれの財務諸表を見比べることで合併による変動が明らかになります。

登記事項証明書

合併の登記が完了したことを証明する書類です。

上記の書類はすべて税務署に提出しなくてはなりません。事前に抜け漏れがないようチェックリストを作っておきましょう。

申告スケジュールと期限を確認しておく

吸収合併の税務申告やスケジュール・期限は、通常の申告時期とは異なる可能性があります。

まずは、吸収合併の日程を事前に決定し、合併日を基準にしてスケジュールを組み立てましょう。税務署には合併予定の日程について事前連絡を行い、必要な手続きや書類提出を行います。

書類提出の具体的な期限は合併の規模や内容によって異なりますが、いずれも合併成立日から一定期間内に提出しなくてはなりません。例えば、法人税申告書の提出は事業年度末から2ヵ月以内です。

まとめ

吸収合併は企業の成長戦略や経営効率向上を目的とする一方で、財務担当者にとっては負担の大きさが懸念されます。吸収合併では適切な税務処理を怠ると、後の会計業務や税務申告でトラブルになるため注意が必要です。

吸収合併時の税務処理や仕訳方法は煩雑なため、企業の財務担当者だけでなく会社設立や合併に詳しい税理士に相談をすることをおすすめします。

小谷野税理士法人は、会社設立を得意とする税理士事務所です。合併に伴う税務処理や確定申告に関するご相談は、ぜひ「小谷野税理士法人」までお気軽にお問い合わせください。